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上海海方
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外泌体miRNA测序
miRNAs是生命活动中重要的调控因子,在基因表达调控、生物个体发育、代谢紊乱发挥着重要的作用。基于Illumina高通量测序平台的small RNA测序技术不受物种限制,具有高灵敏度和高精确性,既能鉴定特定条件下表达的miRNA,也能发现新的miRNA。同时还可用生物信息学分析筛选在特定条件下差异表达的miRNA。
技术优势:
1、高度精确:可精确到单核苷酸水平,非常有利于区分高度同源的miRNA分子;
2、高度广谱:可研究任一个17~25 nt之间的miRNA分子;
3、检测范围广:可在超过6个数量级范围内实现准确的序列检测和定量分析,有利于研究低丰度miRNA的差异表达;
4、数据质量高:深度测序保证了抽样随机性,可靠性和重复性高;
数据分析内容:
miRNA差异分析(已知/新预测);
miRNA表达量统计;
miRNA差异筛选;
样品要求:
血清样本: 5ml (全血10ml);
血浆样本: 5ml (全血 8-10ml);
无血清培养细胞上清:50ml;
体液: 20ml;
运输条件:
客户邮寄标本需使用干冰运输,请提前跟公司销售联系并告知快递单号。也可联系公司销售员上门取样。
测序周期:收到样品后6周左右反馈结果;
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文献和实验案例:通过深度测序分析乳腺癌中 microRNA 的序列和表达 背景: microRNAs 调控很多对肿瘤发生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下调的,但系统的乳腺癌中 microRNA 的表达分析还没有被报道。 目的: 利用 Illumina HiSeq2000 测序平台对不同类型乳腺癌组织和细胞进行测序,分析其 microRNAs 表达差异。 结果:通过对 11 个正常乳腺组织,17 个非转移
了来自结肠直肠癌(CRC)患者和健康人血清外泌体中的 miRNA 表达有明显的差异。 作者先通过外泌体 miRNA 测序(4 个 CRC 患者和 2 个健康人)观察外泌体的 miRNA 差异表达,选取了 29 个下调 miRNAs 和 9 个上调 miRNAs 作为候选标志物。 再使用 RT-qPCR(165 个 CRC 患者和 153 个健康人)进一步验证,最后发现与健康人相比,早期 CRC 患者外泌体 miR-99b-5p 和 miR-150-5p 的表达水平显著降低,术后外泌体 miR-99b-5
,也算是分数较高的了。就标题来看,不难发现,这四篇文章的共同点都是关于外泌体(exosomes)的研究,这个是近几年兴起的热点。 外泌体之所以火热,是因为它包含了 miRNA 和蛋白等分子,可以运送到受体细胞,调节各种生理过程。 就目前的研究来看,几乎所有的细胞都分泌外泌体,而且外泌体参与众多生理病理过程,尤其是肿瘤方面。以外泌体为研究背景或者研究对象,是目前很常见的研究思路。 上面的四篇文章,第一篇是从临床病例开始的,后面几篇则是从生信挖掘开始的。 接下来就说说临床数据、生信分析和外泌体如何完美结合
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