HiChIP高通量测序整体服务

HiChIP（in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation）是一种利用原位Hi-C原理和转座酶介导构建文库来解析染色质构象的方法。该方法由Howard Chang实验室建立，相关方法论文在2016年11月份发表于 Nature Methods^[1]。
与Hi-C（Chromosome conformation capture (3C) coupled with sequencing）技术和ChIA-PET（Chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing）相比，Hi-C的优缺点如下：
 

HiChIP结合了Hi-C技术和ChIA-PET技术，用更小的数据量获取更高分辨率的染色质三维结构信息。通过技术革新，表观生物在国内首次推出新的HiChIP技术服务。HiChIP通过裂解细胞前就在细胞核中交联，从而降低假阳性，最大化提高DNA contact的捕获效率。然后收集细胞核，在原位产生Hi-C交联，利用生物素标记DNA末端。接着进行细胞核的裂解，超声打断DNA，后续用特异性的抗体进行ChIP实验。得到DNA蛋白复合物后，进行DNA洗脱和反向交联。随后，进行生物素捕获Hi-C交联和文库制备，上机测序。HiChIP的流程如图1所示。

 
技术应用
1.     针对特定蛋白的染色质互作构象分析
2.     转录因子作用机制研究
3.     表观修饰对基因调控的机制研究
 
技术优势
1.     构象信息读取的产量提高了10倍以上
2.     相对于ChIA-PET，样本要求降低了100倍以上
3.     所需细胞数量低于Hi-C
4.     比Hi-C具有更大的信噪比
 
送样要求
样本类型：1. 活细胞样本，细胞数量≥1.5×10⁷；
样本物种：仅限人、大小鼠，其他物种需评估。
其他注意事项：
1. 前期准备需要固定细胞，提供细胞沉淀，通过干冰运输。细胞固定方案请咨询技术支持。
2. 不具备前期准备条件的，需提供活细胞及配套培养基，常温运输。如需进行细胞前处理，请提供详细说明和相关材料，并收取相应处理费用。细胞培养及收集需根据细胞类型不同而收取相应费用。
 
测序方案
1. 测序平台：Illumina HiSeq X10/ NovaSeq 6000
2. 测序模式：PE 150
3. 测序数据量：45G
 
生物信息分析内容

1. 序列比对

2.HiChIP 实验质控分析（aligment、valid_interation_pairs）

3.HiChIP 互作热图（多种分辨率）

4.Loop 鉴定

5.Loop 注释（enhancer-promoter）

6.Hub super-enhancer 鉴定

7. 产生可视化文件

8.Loop 差异分析
9.GO 与 KEGG 分析

 实测数据

图1. 可视化Loop

 

图2. Loop长度直方图

 

图3. Loop距离直方图

 

图4. 显著互作统计图

 

图5. Loop MA图

 

图6. contact过滤图

 

图7. Loop 火山图

 

图8. Loop箱线图

 

图9. Loop小提琴图

 
客户文章：

^{1、Cell Death Dis：JUN诱导超级增强子RNA形成R-loop，促进鼻咽癌转移[2]}

这项研究发现通过转录因子JUN介导的超级增强子RNA（seRNA）形成R-loop来调节靶基因，从而促进鼻咽癌的转移，并鉴定得NDRG1是一种鼻咽癌转移相关seRNA（seRNA-NPCM）。seRNA-NPCM在鼻咽癌组织和高度转移的细胞中表达上升，在体内和体外促进鼻咽癌细胞转移。此外，临床分析表明，seRNA-NPCM和NDRG1是鼻咽癌患者的独立预后因素。seRNA-NPCM在调控靶基因转录中发挥关键作用，促进鼻咽癌转移。