CHIP-Seq

ChIP-seq 染色质免疫共沉淀测序服务

技术简介：

真核生物中染色质是由DNA和蛋白质组成的复合物，故研究DNA和蛋白质在染色质形式下的相互作用对于阐明真核生物的基因表达机制具有重要意义。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）作为研究DNA与蛋白质相互作用的经典实验方法，被广泛应用于组蛋白修饰以及转录因子与基因表达的关系。ChIP-seq服务将ChIP与高通量测序技术结合，可以在全基因组层面检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点，并针对这些位点进行特定的研究。
 

ChIP-seq技术特点及优势：

1. 全基因组覆盖：ChIP-seq相较于传统的ChIP-chip技术，可以实现全基因组范围的、单碱基水平的蛋白质结合位点的筛选与鉴定；
2. 高灵敏度：每个样本均可获得数百万条序列标签，可以通过分析发现基因组上的稀有结合位点；
3. 高精确率：通过测序可以获得高水平的信噪比数据，准确区分真实位点与背景噪音，精确定位蛋白结合位点；
4. 抗体类型丰富：抗体公司有各种商品化的ChIP级抗体，可以对各种类型的蛋白结合实验提供有效支持；
5. 通过关联分析对调控机制进行研究：例如可以通过ChIP-seq与转录组数据进行联合分析，进一步研究组蛋白或转录因子对基因表达的调控。

ChIP-seq技术的应用：

1. 应用于组蛋白修饰的研究；
2. 应用于转录因子结合的位点的研究；
3. 应用于增强子或超级增强子区域的鉴定等；

 ChIP-seq生信分析：

1. 基本分析

1. 测序质量评估及质控；
2. 参考基因组比对分析；
3. ChIP实验效果质控；
4. 结合位点（峰）检测及注释；
5. 结合位点（峰）序列的Motif检测；
6. 结合位点（峰）关联基因的功能富集分析；
7. 样本间差异结合位点相关分析；

1. 高级分析

1. ChIP-seq与转录组数据或其他类型数据联合分析；
2. 增强子及超级增强子分析。