USP25表达变化检测
筛选并验证USP家族在MI/RI中的差异表达,确定USP25是否参与。
对小鼠MI/RI模型心脏组织进行转录组测序,筛选USP家族差异表达基因;通过RT-qPCR在动物模型、心肌细胞及人样本中验证USP25表达。
Ubiquitin-specific protease 25 improves myocardial ischemia-reperfusion injury by deubiquitinating NLRP3 and negatively regulating NLRP3 inflammasome activity in cardiomyocytes.
文献包含体内小鼠MI/RI模型(USP25敲除与过表达)、体外心肌细胞H/R和LPS/Nig模型、临床心肌样本验证、以及分子机制实验(Co-IP、LC-MS/MS、位点突变、泛素化分析),证据层级完整。
小鼠心肌缺血再灌注(MI/RI)模型 新生大鼠原代心肌细胞(NRPCs) HL-1心肌细胞系 人缺血性心肌病心肌样本
MI/RI模型建立:30分钟缺血,4小时或2周再灌注,LAD结扎 USP25敲除小鼠(C57BL/6J背景)及野生型同窝对照 AAV9-cTnT-USP25过表达,尾静脉注射1×10^11 v.g./小鼠,于I/R术前4周 NLRP3−/−小鼠(C57BL/6J背景,品系号VSM40005) 体外H/R模型:缺氧4小时(1% O2)复氧6小时;LPS(1μg/mL)6小时+尼日利亚霉素(10μM)30分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选并验证USP家族在MI/RI中的差异表达,确定USP25是否参与。
对小鼠MI/RI模型心脏组织进行转录组测序,筛选USP家族差异表达基因;通过RT-qPCR在动物模型、心肌细胞及人样本中验证USP25表达。
评估USP25在MI/RI中的作用。
利用USP25敲除(USP25−/−)小鼠和心肌细胞特异性过表达USP25(AAV9-cTnT-USP25)的小鼠,进行MI/RI模型,检测心肌梗死面积、心功能、心肌损伤标志物、纤维化和凋亡。
鉴定USP25在心肌细胞中调控MI/RI的底物蛋白。
通过Co-IP结合LC-MS/MS在H/R处理的心肌细胞中筛选USP25相互作用蛋白,发现NLRP3;通过Co-IP验证USP25与NLRP3的结合及结合域。
探究USP25如何调控NLRP3活性及心肌细胞焦亡。
在体外和体内检测USP25对NLRP3-ASC相互作用、ASC寡聚化、caspase-1和GSDMD切割的影响,以及LDH释放和细胞活力。
确定USP25对NLRP3去泛素化的类型、位点和关键氨基酸。
通过IP检测NLRP3的泛素化水平,使用泛素突变体确定连接类型,通过质谱和点突变鉴定泛素化位点,并验证USP25活性位点C178的重要性。
在体内证实USP25通过NLRP3发挥心脏保护作用。
在NLRP3−/−小鼠中过表达USP25,评估MI/RI的严重程度,以及心肌损伤标志物和焦亡相关蛋白变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| MI/RI模型建立 | 伊文思蓝 | Sigma-Aldrich | E2129 |
| 2,3,5-三苯基氯化四氮唑 | Solarbio | T8170 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Vazyme | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 5-溴脱氧尿苷 | MedChemExpress | HY-15910 | |
| 心肌细胞焦亡模型 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | -- |
| 尼日利亚霉素 | MedChemExpress | HY-100381 | |
| 质粒转染 | Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985070 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000-015 | |
| P3000辅助试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0038 |
| 细胞毒性检测 | 乳酸脱氢酶释放检测试剂盒 | Beyotime | C0016 |
| 细胞染色 | 碘化丙啶染液 | Solarbio | CA1120 |
| ASC寡聚化分析 | NP-40裂解液 | Beyotime | P0013F |
| 双琥珀酰亚胺辛二酸酯 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | ASC抗体 | CST | 67824S |
| Alexa Fluor 594标记二抗 | LABSELECT | 33112ES60 | |
| DAPI | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | Takara | DRR037A |
| SYBR Green试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013C |
| ASC抗体 | CST | 67824S | |
| Caspase-1抗体 | Santa Cruz | sc-56036 | |
| 泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| β-actin抗体 | Abbkine | AC026 | |
| NLRP3抗体 | Adipogen | ag-20B-0014-C100 | |
| GSDMD抗体 | Abcam | ab215203 | |
| USP25抗体 | Abcam | ab187156 | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab9722 | |
| COL-1抗体 | Proteintech | 14695-1-AP | |
| FLAG抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| TGF-β抗体 | Proteintech | 21898-1-AP | |
| HA抗体 | Abmart | M20003S | |
| p-P65抗体 | CST | 3033 | |
| P65抗体 | CST | 8242 | |
| P38抗体 | CST | 8690 | |
| p-P38抗体 | CST | 463190 | |
| JNK抗体 | CST | 9252 | |
| p-JNK抗体 | CST | 4668 | |
| ERK抗体 | CST | 4695 | |
| p-ERK抗体 | CST | 4370 | |
| HRP标记山羊抗兔二抗 | Beyotime | A0208 | |
| HRP标记山羊抗小鼠二抗 | Beyotime | A0216 | |
| 蛋白泛素化分析 | MG132 | -- | -- |
| 动物实验 | AAV9-cTnT-3Flag-T2A-EGFP载体 | Genechem | GV571 |
| 超声心动图 | Vevo 3100小动物超声成像系统 | FUJIFILM VisualSonics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MI/RI动物模型 | 小鼠品系(USP25−/−、NLRP3−/−)、周龄(8周)、性别(雄性)、体重(22±2g)、LAD结扎位置(距LAD约2mm)、缺血时间(30分钟)、再灌注时间(急性4小时,慢性2周)、再灌注方式、麻醉方式、随机化和盲法。 阅读提示:Methods部分:Animal experiments(2.1节) |
| 心肌细胞特异性USP25过表达 | AAV9血清型(9)、启动子(cTnT)、载体(GV571)、注射剂量(1×10^11 v.g./小鼠)、注射方式(尾静脉)、注射时间(I/R前4周)、基因构建(EV或USP25)。 阅读提示:Methods部分:Animal experiments(2.1节) |
| 体外H/R模型 | 细胞类型(NRPCs、HL-1等)、缺氧条件(1% O2, 5% CO2, 94% N2)、缺氧时间(4小时)、复氧条件(21% O2)、复氧时间(6小时)、培养基(无糖无FBS DMEM用于缺氧,高糖DMEM用于复氧)。 阅读提示:Methods部分:Cell culture, transfection and viability assessment(2.6节) |
| 焦亡诱导模型 | LPS浓度(1μg/mL)、处理时间(6小时)、Nigericin浓度(10μM)、处理时间(30分钟)、溶剂对照。 阅读提示:Methods部分:Cell culture, transfection and viability assessment(2.6节) |
| 泛素化分析 | 质粒转染(Flag-USP25、His-NLRP3、HA-Ub等)、MG132浓度(10μM)、IP抗体(NLRP3抗体)、检测抗体(Ub-K63抗体)、细胞处理(H/R或LPS)。 阅读提示:Methods部分:Co-IP and western blot analysis(2.12节)、NLRP3 ubiquitination site analysis(2.14节) |