体外细胞增殖抑制检测
评估木犀草苷对神经母细胞瘤细胞及正常细胞增殖的影响
使用MTT实验和集落形成实验检测不同浓度木犀草苷处理SH-SY5Y、SK-N-AS和HT-22细胞后的增殖能力变化,并通过Western blot检测增殖标志物Ki-67和PCNA的表达。
Luteoloside Induces G0/G1 Phase Arrest of Neuroblastoma Cells by Targeting p38 MAPK.
包含体外细胞增殖、凋亡、周期检测,体内裸鼠成瘤模型,以及靶点预测、分子对接、CETSA和抑制剂回复实验等多层级功能与机制验证。
SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞系 SK-N-AS人神经母细胞瘤细胞系 BALB/c裸鼠皮下成瘤模型
木犀草苷浓度:0、12.5、25、50 μM 处理时间:24小时或48小时 p38 MAPK抑制剂SB203580预处理浓度:20 μM,2小时 体内实验:SH-SY5Y细胞接种量2×10^6细胞/200 μL,木犀草苷剂量25 mg/kg/d,每3天一次 细胞周期同步化:血清饥饿约24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估木犀草苷对神经母细胞瘤细胞及正常细胞增殖的影响
使用MTT实验和集落形成实验检测不同浓度木犀草苷处理SH-SY5Y、SK-N-AS和HT-22细胞后的增殖能力变化,并通过Western blot检测增殖标志物Ki-67和PCNA的表达。
明确木犀草苷是否通过诱导凋亡抑制细胞增殖
采用Hoechst 33258染色观察细胞核形态,JC-1染色检测线粒体膜电位,流式细胞术检测凋亡率,Western blot检测凋亡相关蛋白cleaved-caspase3和Bcl-2的表达。
探究木犀草苷对细胞周期进程的影响及相关蛋白表达
通过流式细胞术检测细胞周期分布,Western blot和qRT-PCR检测G1期相关蛋白和基因(cyclin D1、CDK4、C-myc、cyclin E)的表达水平。
验证木犀草苷在体内的抑瘤作用及毒性
在BALB/c裸鼠皮下接种SH-SY5Y细胞建立移植瘤模型,给予木犀草苷或DMSO处理,测量肿瘤体积和重量,并通过IHC检测肿瘤组织中Ki67和PCNA表达,HE染色评估心、肝、肾毒性。
预测并验证木犀草苷的直接作用靶点及其在周期阻滞中的作用
利用SwissTargetPrediction预测靶点,KEGG通路富集分析,分子对接模拟结合模式,CETSA验证结合,并用p38抑制剂SB203580进行功能回复实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | BI | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | 木犀草苷 | MedChemExpress (MCE) | HY-N0540 |
| SB203580 | MedChemExpress (MCE) | HY-10256 | |
| MTT实验 | MTT试剂 | Solarbio | M1020 |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | D8370 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Solarbio | G1064 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC细胞凋亡检测试剂盒 | Yeason | 40302ES60 |
| 细胞周期检测试剂盒 | KeyGEN | KGA512 | |
| 流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| NovoExpress软件 | Agilent | -- | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染色工作液 | Solarbio | M8650 |
| Hoechst染色 | Hoechst 33258 | Solarbio | C0021 |
| 荧光显微镜 | Leica | -- | |
| qRT-PCR | Hifair® III第一链cDNA合成SuperMix(gDNA消化酶) | YEASEN | 11141ES60 |
| TB Green | TaKaRa | RR820A | |
| 实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| Bio-Rad蛋白质检测试剂盒 | Servicebio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Meilunbio | -- | |
| 抗cyclin D1抗体 | Proteintech | 26939-1-AP | |
| 抗cyclin E抗体 | Proteintech | 11554-1-AP | |
| 抗C-myc抗体 | Proteintech | 10828-1-AP | |
| 抗CDK4抗体 | Proteintech | 11026-1-AP | |
| 抗p38抗体 | Proteintech | 14064-1-AP | |
| 抗磷酸化p38 (Thr180/Tyr182)抗体 | Proteintech | 28796-1-AP | |
| 抗ERK抗体 | Proteintech | 16443-1-AP | |
| 抗磷酸化ERK (Thr202/Tyr204)抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 10176-2-AP | |
| 抗磷酸化AKT (Ser473)抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| 抗Bcl-2抗体 | Proteintech | 60178-1-lg | |
| 抗tubulin抗体 | Proteintech | 11224-1-AP | |
| 抗JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| 抗磷酸化JNK (Thr183/Tyr185)抗体 | Cell Signaling Technology | 9255 | |
| 抗cleaved-caspase3抗体 | ABclonal | A11021 | |
| 化学发光超敏ECL试剂盒 | Boster | AR1190 | |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| 体内实验 | BALB/c裸鼠 | Experimental Animal Center of Guizhou Medical University | -- |
| IHC | 抗PCNA抗体 | Servicebio | GB11010 |
| 抗Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 显微镜 | Olympus | -- | |
| HE染色 | 显微镜 | Olympus | -- |
| 分子对接 | Chem3D软件 | -- | Chem3D 17.0 |
| AutoDock软件 | -- | AutoDock 4.2.6 | |
| PyMOL软件 | Schrödinger | PyMOL 2.5 | |
| CETSA | 亮抑肽酶 | -- | -- |
| 抑肽酶 | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | -- | GraphPad Prism 6.01 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(DMEM/F12 或 DMEM)、血清和抗生素浓度、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods,4.1 Cell Culture |
| 药物处理 | 木犀草苷浓度(0, 12.5, 25, 50 μM)、处理时间(24或48小时)、溶剂对照(DMSO)、SB203580浓度(20 μM)和预处理时间(2小时) 阅读提示:Materials and Methods,4.1 Cell Culture 和 Figure 7 图注 |
| MTT实验 | 细胞接种密度(1×10^4/孔)、处理时间(24或48小时)、MTT孵育时间(4小时)、测量波长(490 nm) 阅读提示:Materials and Methods,4.2 MTT Assay |
| 集落形成实验 | 细胞接种密度(1000细胞/孔)、处理时间(10天)、固定和染色方法(4%多聚甲醛、0.5%结晶紫)、重复数(3次) 阅读提示:Materials and Methods,4.3 Colony Formation Assay |
| 流式细胞术(凋亡和周期) | 细胞同步化方法(血清饥饿约24小时)、固定方法(70%乙醇,-20°C过夜)、染色试剂盒(Annexin V-FITC、细胞周期检测试剂盒)、检测仪器(Beckman流式细胞仪) 阅读提示:Materials and Methods,4.4 Flow Cytometry Analysis |
| 线粒体膜电位检测 | 处理时间(24小时)、染色条件(JC-1工作液,37°C避光20分钟)、检测仪器(Beckman流式细胞仪) 阅读提示:Materials and Methods,4.5 Measurement of MMP |
| Hoechst染色 | 处理时间(24小时)、固定条件(4%多聚甲醛,30分钟)、染色条件(1 μg/mL Hoechst 33258,15分钟,避光) 阅读提示:Materials and Methods,4.6 Hoechst 33258 Staining Assay |
| qRT-PCR | RNA提取方法、逆转录试剂盒(gDNA digester plus)、PCR试剂(TB Green)、内参基因(Tubulin)、引物序列(补充表S1) 阅读提示:Materials and Methods,4.7 qRT-PCR Analysis 和 Supplementary Table S1 |
| Western blot | 裂解液(RIPA)、蛋白定量试剂盒、SDS-PAGE浓度(12%)、转膜条件(PVDF膜)、封闭条件(5%脱脂牛奶,2小时)、一抗和二抗的稀释比例及孵育时间、ECL试剂盒 阅读提示:Materials and Methods,4.8 Western Blot Assay |
| 体内实验 | 动物品系、性别、年龄和体重(雌性BALB/c裸鼠,4-6周龄,16-20g)、细胞接种量(2×10^6细胞/200 μL)、给药剂量(25 mg/kg/d)和频率(每3天一次)、治疗周期(21天)、对照组(DMSO)、每组动物数(n=5)、肿瘤体积计算公式 阅读提示:Materials and Methods,4.9 Subcutaneous Tumorigenesis Model |
| IHC | 抗原修复方法(柠檬酸钠)、封闭(H2O2)、一抗浓度(PCNA 1:400,Ki67 1:300)和孵育条件(4°C过夜)、二抗和显色方法(DAB) 阅读提示:Materials and Methods,4.10 Immunohistochemical Staining (IHC) |
| HE染色 | 切片厚度(5 μm)、染色步骤(苏木精、伊红)、封片方法 阅读提示:Materials and Methods,4.11 HE Staining Assay |
| 靶点验证 | CETSA实验条件:细胞数量、裂解液成分、冻融循环次数和条件、药物浓度(50 μM)、温度梯度(46-61°C)、加热时间(3分钟) 阅读提示:Materials and Methods,4.14 Cellular Thermal Shift Assay (CETSA) |