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近年来，科学家们发现，新陈代谢与大脑健康之间存在千丝万缕的联系

药物研发领域正迎来一场静默革命

ImmPort Resources是ImmPort数据库（Immunology Database and Analysis Portal）中的一个模块，提供了大量免疫学可参考的数据和信息，助力免疫组学研究。今天，我详细介绍一下这个模块中的各种实用资源。

经过前面两期的讲解，我们了解了GWAS分析需要的数据类型和数据质控方法，终于来到我们的核心内容：关联分析

上一期我们了分享了GWAS分析需要的数据格式，以及不同格式之间的转换。现在我们已经准备好了表型数据和基因数据，是不是就想马上进行关联分析了？心急吃不了热豆腐，为了提高关联分析结果的准确性，需要对数据进行质控，去掉不合格的样本和变异数据

近日，海军军医大学附属东方肝胆医院/国家肝癌科学中心王红阳院士、付静教授团队在《Journal of Hematology & Oncology》上发表研究，利用单细胞转录组、空间转录组、类器官及小鼠模型揭示了不同胆管癌亚型之间的细胞和微环境差异

生物芯片上海国家工程研究中心持续加码前沿空间组学技术平台布局，开创性的推出了“芯空一号”空间多组学解决方案。

两项研究从不同维度揭示了饮食因素与AD病理的内在联系：地中海饮食模式通过整体抗炎效应调节多种AD生物标志物，而Omega-3/Omega-6脂肪酸则通过特异性调节淀粉样蛋白沉积、tau蛋白病理及神经炎症过程发挥保护作用。

本研究利用空间组学平台，结合机器学习算法，实现了对特发性肺纤维化中多种细胞类型的精细描绘，同时揭示了其亚细胞级的空间分布特征

ImmPort（Immunology Database and Analysis Portal）是由美国国立卫生研究院（NIH）、过敏与传染病研究所（NIAID）及过敏免疫移植部（DAIT）联合开发的免疫学数据平台。该平台开放共享，为全球研究者提供免疫学数据的标准化归档与开放访问。

为什么男性更容易患肾癌？为什么一些肾病在女性中更易缓解？这些性别差异，可能早在我们基因中写好了程序。最近发表在 Nature Genetics （IF：31.7）的一项研究《小鼠肾脏的多组学与空间分析揭示了贯穿生命周期的性别特异性基因调控差异》

屏状核/背侧内嗅皮层复合体（CLA）是负责感知意识的主要大脑区域，在注意力控制、慢波睡眠、抑郁样行为和疼痛处理等方面中起关键作用。

免疫检查点抑制剂（ICI）疗法的出现，彻底改变了晚期或转移性错配修复缺陷（dMMR）和微卫星高度不稳定性（MSI-H）结直肠癌（CRC）患者的治疗格局，大幅提升了无进展生存期（PFS）。然而， dMMR CRC因其高突变负荷（TMB），理论上更易对免疫疗法产生反应，但实际响应率不足50%

ProteomeXchange（PX）是国际蛋白质组学数据共享联盟，成立于2014年，旨在为全球研究者提供标准化、高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务。该联盟已整合全球六大核心分库，覆盖质谱原始数据、分析结果及多维度注释信息，支持数据开放共享与跨平台访问。

Single Cell Portal数据库（SCP）是由美国布罗德研究所开发的开源单细胞组学数据库，旨在通过整合海量数据、提供在线分析工具和可视化功能，降低单细胞研究的门槛并加速科学发现。

Molecular Devices多位工程师在生物芯片上海国家工程研究中心紧锣密鼓地安装调试仪器，经过一周的奋斗，亚洲首台CellXpress.ai体外模型智能化工厂顺利完成安装，标志着中心与丹纳赫旗下美谷分子仪器战略合作的重要进展。

本研究基于10x Genomics Visium HD平台，在FFPE组织中实现了极高的空间转录组分辨率，系统揭示了结直肠癌肿瘤微环境中免疫细胞的空间异质性与功能互作，尤其是在肿瘤边缘区域识别出具有促瘤与抗瘤潜力的免疫亚群

GEO（Gene Expression Omnibus）是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的公共数据库，主要用于存储和共享高通量基因表达数据、表观遗传学数据以及其他功能基因组学数据。

在展示多样本数据分布时，除了箱型图和小提琴图，密度热图也是一个不错的选择。下面我们就来了解一下ComplexHeatmap包绘制出的密度热图。

一张膜切片搞定空间组学