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肝细胞癌（HCC）具有典型的纤维化背景和免疫排斥特征，其中CAF（癌相关成纤维细胞）被认为是调控肿瘤免疫微环境的关键因素。但CAF不同亚型如何在空间上组织、以及如何参与免疫抑制机制，缺乏系统性的解析。本研究基于空间多组学策略，构建HCC高分辨率空间图谱，重点解析血管–CAF互作如何驱动免疫排斥及免疫治疗耐受机制。

以10x Visium和CosMx SMI空间转录组技术为核心，首次系统解析了DMG肿瘤的空间生态结构，并提出IGSF11-VISTA这一脑特异性的免疫检查点轴。研究表明，肿瘤细胞在AOO生态位通过IGSF11“锁住”稳态小胶质细胞，从而实现免疫逃逸；而靶向阻断该轴后，可唤醒小胶质细胞介导肿瘤清除，显著延长生存期。

口腔鳞状细胞癌（OSCC）是头颈部常见的恶性肿瘤之一，具有较高的发病率和死亡率，且多数患者在确诊时已处于中晚期阶段。尽管免疫检查点抑制剂（immune checkpoint blockade, ICB）已被应用于临床，但其治疗效果在不同患者间差异显著，这在很大程度上与肿瘤微环境（TME）中持续存在的免疫抑制状态密切相关。

当全球药物研发迈向“非动物实验”转型关键期，器官芯片技术借助中美政策协同发力，从科研探索加速迈向产业化应用。美国FDA监管框架落地与中国国家战略布局双向呼应，共同勾勒出该技术从“补充工具”到“核心选项”的发展路径，产业加速期已然来临。

今天给大家介绍一个单细胞互作分析软件，不同于我们常用的CellChat、CellphoneDB等，它是通过将相互作用细胞的表达数据与信号和基因调控网络的先验知识相结合来预测相互作用细胞之间的配体-靶标联系的方法，这就是NicheNet。

在单细胞转录组和空间转录组研究中，研究者往往不仅关心哪些基因表达变化，更希望回答一个更核心的问题：是谁在驱动这些变化？

胰腺导管腺癌是最致命的实体恶性肿瘤之一，现有抗血管生成疗法效果不佳，而血管生成拟态作为一种非内皮依赖性血管化模式，在该疾病中发挥着重要作用，但其调控机制尚不明确。

10x Genomics Visium HD空间转录组平台迎来重要升级——全新11×11mm大面积捕获区域正式推出。在延续Visium HD亚细胞级空间分辨率与超高检测灵敏度优势的基础上，单张玻片的有效组织覆盖面积显著提升！可实现更大尺度的组织空间信息获取！

压力超负荷诱导的心肌肥大是心力衰竭的关键前驱病变，全球罹患人数超过6400万，严重威胁人类健康。尽管现有研究在经典炎症及纤维化通路方面取得诸多进展，但心肌重塑过程中细胞间相互作用的时空动态规律及关键代谢调控机制仍不清楚，尤其氨基酸代谢在其中的作用长期被忽视，导致靶向治疗策略发展受限。

原发性肝癌（PLC）是全球最常见且致死率高的恶性肿瘤之一，其发生与进展过程中呈现出显著的肿瘤异质性。不同肿瘤细胞亚群在转录状态、代谢特征及免疫调控方面均存在明显的异质性，这些差异往往决定着肿瘤的进展速度、治疗反应及患者预后。

当国家顶层设计锚定前沿科技，当生命健康成为全民共识，一项被写入十五五规划的“黑科技”，正悄然打破传统医疗的边界，它就是——器官芯片。

近日，国际顶刊《Nature》刊发深度报道：The age of animal experiments is waning. Where will science go next? 精准捕捉到全球生物医药领域的颠覆性变革：长期占据药物研发核心地位的动物实验，正逐步退出主流舞台，以器官芯片为核心的新方法学（NAMs）成为驱动行业向前的核心力量，为生物研发带来全新可能。

在肿瘤的发生、发展和治疗过程中，肿瘤微环境（Tumor Microenvironment, TME）扮演着至关重要的角色。TME是一个复杂而动态的生态系统，由多种细胞类型和非细胞组分共同构成，包括免疫细胞、成纤维细胞、血管内皮细胞、细胞外基质等

本研究基于单细胞空间转录组技术，在cSCC新辅助PD-1/PD-L1治疗背景下构建了六种空间生态位模型，证明肿瘤空间结构特征较传统PD-L1表达更能预测治疗反应，并揭示不同患者存在高度异质的免疫逃逸机制。研究结果提示，免疫治疗疗效不仅取决于单一分子表达水平，而是依赖于特定空间生态结构的存在与组合，为后续生物标志物开发与个体化治疗策略提供了新的方向。

经过前两期的梳理，TME内由TLS、血管周、干性T细胞生态位构成的“免疫激活轴”，以及由CAF、侵袭前沿、免疫排斥区构成的“免疫抑制网”，已形成清晰的互作框架。但一幅完整的肿瘤生态图谱，还需纳入代谢异质性、神经-免疫互作及微生物等维度。本期将解析最后三种关键生态位——缺氧生态位、神经免疫交界区和微生物驻留生态位。三者共同构成了TME中连接代谢、神经系统与外环境的重要接口，也为开发新型干预策略提供了跨界靶点。

在第一期中，我们系统梳理了TME内以免疫激活为核心的三类生态位。本期视角转向肿瘤的“防御工事”——CAF相关生态位、肿瘤侵袭前沿与免疫排斥生态位，它们常表现为物理屏障、代谢胁迫与空间隔离的格局。三者共同构成TME的“冷区”网络，直接关联治疗失败与疾病进展。

肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种以运动神经元进行性退化为特征的致命神经退行性疾病。大量研究表明，在疾病早期阶段，轴突功能障碍往往先于神经元胞体死亡发生，因此轴突被认为是ALS病理进程中最早受损的关键亚细胞区室。

肿瘤微环境（TME）是一个高度异质且动态的生态系统，由处于不同状态的免疫和基质细胞群体以及细胞外基质成分（ECM）共同构成，并在肿瘤进展和治疗反应过程中不断演化。已有研究揭示，TME 在空间上被划分成多个细胞生态位，这些生态位具有独特的细胞组成、分子特征与相互作用模式，且与免疫逃逸及肿瘤演进密切相关。本文将分三期，系统梳理这些功能生态位的组织特点、生物学意义及潜在临床价值。

1型糖尿病（T1D）的发生发展通常经历由正常（ND）到自身抗体阳性（AAB+）到临床确诊T1D的逐级演化过程。在这一过程中，胰岛β细胞的免疫攻击与功能衰竭被视为核心病理事件，但不同阶段的胰腺细胞类型是否共同参与病程推进、其基因调控网络是否发生方向性重写或偏移，尚缺乏系统性的空间与多组学证据。

在高分辨率空间转录组技术逐渐进入“数据丰富”时代的当下，真正的挑战已不再仅仅是获取数据，而是如何在复杂组织结构中清晰地理解和应用这些信息。napari-cosmx插件提供了一种回归真实组织空间进行观察和判断的有效方式。