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经过前两期的梳理，TME内由TLS、血管周、干性T细胞生态位构成的“免疫激活轴”，以及由CAF、侵袭前沿、免疫排斥区构成的“免疫抑制网”，已形成清晰的互作框架。但一幅完整的肿瘤生态图谱，还需纳入代谢异质性、神经-免疫互作及微生物等维度。本期将解析最后三种关键生态位——缺氧生态位、神经免疫交界区和微生物驻留生态位。三者共同构成了TME中连接代谢、神经系统与外环境的重要接口，也为开发新型干预策略提供了跨界靶点。

在第一期中，我们系统梳理了TME内以免疫激活为核心的三类生态位。本期视角转向肿瘤的“防御工事”——CAF相关生态位、肿瘤侵袭前沿与免疫排斥生态位，它们常表现为物理屏障、代谢胁迫与空间隔离的格局。三者共同构成TME的“冷区”网络，直接关联治疗失败与疾病进展。

肌萎缩侧索硬化症（ALS）是一种以运动神经元进行性退化为特征的致命神经退行性疾病。大量研究表明，在疾病早期阶段，轴突功能障碍往往先于神经元胞体死亡发生，因此轴突被认为是ALS病理进程中最早受损的关键亚细胞区室。

肿瘤微环境（TME）是一个高度异质且动态的生态系统，由处于不同状态的免疫和基质细胞群体以及细胞外基质成分（ECM）共同构成，并在肿瘤进展和治疗反应过程中不断演化。已有研究揭示，TME 在空间上被划分成多个细胞生态位，这些生态位具有独特的细胞组成、分子特征与相互作用模式，且与免疫逃逸及肿瘤演进密切相关。本文将分三期，系统梳理这些功能生态位的组织特点、生物学意义及潜在临床价值。

1型糖尿病（T1D）的发生发展通常经历由正常（ND）到自身抗体阳性（AAB+）到临床确诊T1D的逐级演化过程。在这一过程中，胰岛β细胞的免疫攻击与功能衰竭被视为核心病理事件，但不同阶段的胰腺细胞类型是否共同参与病程推进、其基因调控网络是否发生方向性重写或偏移，尚缺乏系统性的空间与多组学证据。

在高分辨率空间转录组技术逐渐进入“数据丰富”时代的当下，真正的挑战已不再仅仅是获取数据，而是如何在复杂组织结构中清晰地理解和应用这些信息。napari-cosmx插件提供了一种回归真实组织空间进行观察和判断的有效方式。

ACT（Annotation of Cell Types）数据库是一个专为单细胞转录组数据“细胞类型注释”环节设计的在线一站式工具，由哈尔滨医科大学肖云课题组建立。该课题组手工整理了约 7000 篇文献中的 26000 多个细胞marker，构建出层次化的标记图谱。结合自开发的WISE（加权整合基因集富集）算法，将经典marker的普遍性与特定细胞类型的有序差异表达基因整合到该图谱中，完成细胞注释工作。

传统组学技术虽能获得分子信息，却无法保留组织的空间结构。空间组学让我们首次能在组织中原位解析分子表达的空间异质性：GeoMx DSP精准捕获特定区域的转录组特征，帮助鉴定结构特征标签；CosMx SMI将分辨率提升至“单细胞”水平，描绘每个细胞的基因表达与空间坐标。两项技术结合，既见森林（区域特征），又见树木（单细胞细节），为破解疾病机制提供了前所未有的立体视角。

BARICO 研究三年随访数据证实，代谢减重手术后38.6%的患者实现显著认知改善，这一获益与瘦素降低、脂联素及脑源性神经营养因子（Brain derived neurotrophic factor，BDNF）升高密切相关。单分子阵列（Single molecule array，SIMOA）技术以超高灵敏度突破局限，成为解析减重-认知关联的核心工具。

长期吸烟不仅是牙周炎的高危因素，更会以我们肉眼难以察觉的方式逐步侵蚀牙龈组织。本研究基于Visium HD空间转录组，对吸烟相关牙周炎（SP）患者的牙龈组织进行系统解析，构建了横跨上皮-基质-血管--免疫的空间病理网络。研究不仅描绘了细胞组成与结构的改变，还揭示了血管内皮与巨噬细胞的异常串扰是炎症升级的关键驱动，为吸烟诱导牙周组织破坏提供了关键机制证据，并指向潜在的靶点干预方向。

造釉细胞型颅咽管瘤（ACP）是位于鞍内或鞍上区的罕见颅内肿瘤，具有手术困难及严重术后并发症、高复发率等特点，迫切需要进一步研究ACP发展和复发的潜在机制，识别更多潜在的治疗靶点。

老年犬出现健忘、焦躁、昼夜颠倒？这些所谓的“老糊涂”，这可能是犬类认知功能障碍（Canine cognitive dysfunction syndrome，CCD）的早期信号。作为老年犬高发的神经退行性疾病，CCD诊断曾长期依赖主观行为量表，易漏诊、延误干预。单分子阵列（Single molecule array，Simoa）检测技术的出现，为CCD精准早期诊断带来了革命性突破。

动脉粥样硬化并非单纯的脂质沉积，而是一种免疫驱动的慢性炎症性疾病。尽管已有大量研究证实先天和适应性免疫参与病程，但免疫细胞在不同血管层次中的空间分布及其随病变进展的变化，

芯空一号快讯 | 为什么肾损伤会变成肾衰？关键细胞被首次锁定！VCAM1⁺/ICAM1⁺炎症型PT细胞揭示纤维化关键机制

2025年12月16日，美国参议院全票通过《FDA现代化法案 3.0》（第119届国会S.355法案），为生物医药行业按下“变革加速键”

HER2⁺乳腺癌约占全部乳腺癌的15–20%，通常表现出较高的侵袭性和进展速度。随着曲妥珠单抗等抗HER2靶向药物在新辅助治疗中的广泛应用，HER2⁺乳腺癌患者的总体pCR（pathological complete response，病理完全缓解）率显著提高，但疗效异质性依然突出。

2025年，生物技术领域迎来关键突破期，Nature Biotechnology编辑团队遴选出本年度十大标志性技术研究。

上一期介绍了单细胞多组学如何识别耐药细胞及其分子特征。本期继续说明空间多组学怎样在组织原位补充位置信息，并讨论把单细胞数据与空间数据整合后，在组织层面关联细胞类型、空间分布与微环境互作，从而定位耐药相关区域、发现空间限制性标志物，为个体化治疗提供从分子表型到位置坐标的完整依据。

幽门螺杆菌（H. pylori）感染是全球胃癌发生的主要危险因素之一，尤其在东亚地区，其致癌贡献最为显著。传统观点认为，H. pylori主要通过长期炎症与黏膜损伤驱动胃癌发生；然而，随着对肿瘤微环境（TME）研究的深入，TME在H. pylori相关胃癌进展中的关键作用被逐渐意识到。

肿瘤耐药是癌症治疗失败的主要原因，根源在于肿瘤异质性及其微环境的复杂调控。传统手段难以捕捉耐药相关稀有细胞群，更无法解析空间特异性机制