实验问答

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科研学霸天团，48小时有问必答

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细胞

问区分癌旁组织和癌组织可以实现活体上的定位么？还是现在只能组织切片

loveliufudan

区分癌旁组织和癌组织通常需要进行组织切片和病理学分析。这是目前常用的方法，可以通过显微镜观察和分析组织形态、细胞类型和病理变化来区分癌旁组织和癌组织。在活体上进行组织定位是一项复杂的任务，需要先对组织进行成像，然后进行实时的分析和判断。尽管有一些医学影像技术如超声、CT、MRI等能够提供体内组织的影像信息，但通常无法直接区分癌旁组织和癌组织。这些影像技术主要用于检测异常区域和指导进一步的诊断和治疗

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问如何提高desi-msi在组织精细结构中药物示踪的分辨率，喷雾溶剂的更换能否有效降低检测下限，如何实现对关注区域的定量分析

loveliufudan

要提高DESI-MSI)在组织精细结构中药物示踪的分辨率，可以考虑以下方法：优化喷雾角度和距离：调整DESI喷雾器的角度和距离，使其与样品表面的接触更加均匀。通过优化喷雾角度和距离，可以改善药物在组织表面的分布和信号强度，从而提高分辨率。优化喷雾溶剂组成：喷雾溶剂的组成对于DESI-MSI的性能至关重要。可以尝试不同类型的溶剂，如乙腈、甲醇、水等，以找到适合特定药物的最佳组合。溶剂的选择可能会影响

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问一级质谱仪和二级质谱仪有什么区别？以及如何选择合适的质谱仪

天一湖医者

区别：1、显示目标不同。一级质谱主要是给出目标物的分子量，GC-MS一级谱图可以定性分析，LCMS只能用于简单的分子量测定。一级质谱有的时候受仪器的分辨率影响，给出的质荷比不能准确定性，比如相同分子量的不同分子，在仪器分辨率不够足够高的时候很难区分。二级质谱可以看出目标物的部分碎片，可以对目标物的结构进行分析。一定程度上可以降低噪音，提高信噪比，从而提高灵敏度，从而也可以节省前处理步骤，可以更好地

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问Waters的MSI仪器离子化模式相较于其他经典的MALDI、SIMS有什么优势

loveliufudan

Waters的MSI仪器采用离子化模式相较于传统的MALDI-MSI有以下一些优势：无需基质：传统的MALDI-MSI通常需要在样品表面施加基质，以促进样品中分析物的离子化和检测。而Waters的MSI仪器使用的离子化模式不需要基质，避免了基质对样品信号的干扰和制备过程的复杂性。多种离子化模式选择：Waters的MSI仪器支持多种离子化模式，如离子迁移、离子传输和离子化冷冻等。这些模式可以根据样品

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问对于小样本的代谢组，t检验可以不校正，或者调整阈值吗？

土井挞克树

小样本更需要校准，因为小样本误差较大

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问如果是动物实验样品采集，是给药之后12h取材好还是给药后2h后取材？

loveliufudan

一般而言，给药后1-2小时取材较常见，但具体取决于研究的目的和所研究的药物特性。以下是两种常见的取样时间选择：给药后1小时取材：这个时间点通常用于研究早期药物吸收、分布和早期生物学反应。在这个时间点，药物已经被吸收进入循环系统，并开始在体内分布和代谢，但可能尚未达到峰值浓度或完全平衡。这个时间点适用于了解药物的早期动力学和早期生物学效应。给药后2小时取材：这个时间点通常用于研究药物在体内的分布和稳

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问可以推荐一些不同代谢组学标准数据库吗？

天一湖医者

常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD、LipidBlast、KEGG和Metlin等。

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问K-means分析是如何确定有几类的，如何得到这些数据点的分布

loveliufudan

K-means聚类分析是一种无监督学习方法，用于将数据集划分为K个不同的簇或类别。确定K值（簇的数量）是K-means分析的一个重要问题，常见的方法包括以下几种：经验法则：根据经验法则选择K值。例如，基于领域知识或先前的经验，对研究对象的数量或特征有一定了解，可以初步估计出适合的K值。手肘法（Elbow Method）：通过绘制不同K值下的聚类结果的损失函数（如平方误差和）与K值的关系图，观察图形

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问找到差异代谢产物后，如何绘制代谢途径呢？就是如何找某个代谢产物在通路中的上下游呢？

天一湖医者

找到差异代谢物后，还需要挖掘和这些代谢物相关的代谢通路。可以采用MetaboAnalyst网站进行代谢通路分析（Metabolic pathway analysis），代谢通路分析分为富集分析（Enrichment analysis）和通路分析（pathway analysis）。通路分析中添加了通路拓扑分析（topology analysis），会输出通路在整体网络中的重要性（impact）。

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问请问：1）液相色谱质谱中，我们是先鉴定化学物然后分析，还是先分析，然后对感兴趣的峰进行代谢物的鉴定？2）如果在正离子模式和负离子

loveliufudan

1）液相色谱质谱（LC-MS）分析的流程可以根据具体的研究目的和样品特性来确定。一般而言，常见的做法是先进行分析，然后对感兴趣的色谱峰进行代谢物的鉴定。在液相色谱分析中，样品经过色谱柱分离后进入质谱仪进行质谱分析，生成质谱图。根据质谱图的特征峰，可以进行初步的化合物鉴定，如根据质荷比（m/z）和相对丰度进行初步的分析和组分识别。随后，对于感兴趣的色谱峰（如代谢物），可以进行更深入的鉴定。这可以通过

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问请问非靶数据根据什么降噪（区分同分异构体等相同名称不同出峰时间的物质），如果均一化？是峰面积总和的百分比吗？

loveliufudan

在非靶数据分析中，针对峰的降噪和峰面积均一化的处理通常基于以下方法：降噪：对于非靶数据，常常会有一些噪声或杂质引入，这可能包括仪器噪声、背景信号等。为了降低噪声的影响，常用的方法包括：平滑滤波：使用滤波算法（如移动平均、Savitzky-Golay等）对信号进行平滑处理，去除高频噪声。噪声阈值：设定一个合适的阈值，将峰高低于该阈值的峰认为是噪声，并将其排除或进行后续处理。区分同分异构体：如果存在相

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问血清样本量为500+，如何进行质控？是否有通用的非靶向代谢组样品（血清，尿液，组织，细胞）的前处理方式？脂质代谢组与非靶向代谢组

loveliufudan

在大样本量的非靶向代谢组学研究中，进行质控是非常重要的，以确保数据的质量和可靠性。以下是一些常见的质控策略和通用的前处理方式：质控样品（Quality Control Samples）：在样品批次中添加一定数量的质控样品，这些样品是经过特定处理或混合而成的，用于监控实验的稳定性和可重复性。质控样品应覆盖实验样品中的代谢物谱，并在实验过程中与样品一同处理和分析。内部标准物质（Internal Sta

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问非靶向代谢组学和靶向代谢组学在应用上有何区别，选择依据是什么？数据处理可选择哪些软件？

天一湖医者

非靶向代谢组学可以全面、系统地分析源自生物体的所有代谢产物，是一种可以发现新生物标志物的无偏代谢组学分析。靶向代谢组学是对特定代谢产物的研究和分析。两者都有各自的优点和缺点，并且经常结合使用以发现和准确测定差异代谢物的含量，对后续代谢分子标记物的深入研究和分析。非靶向代谢组学和靶向代谢组学参与食品鉴定、疾病研究、动物模型验证、生物标志物发现、疾病诊断、药物开发、药物筛选、药物评估、临床研究、植物代

3 回答646 围观

问我的样本差异比较大的情况下，如何筛选生物标记物？

sswei

利用不同组学技术通过高通量筛选寻找不同疾病发生原因、早诊、预后、分型等不同层面的Biomarker，对同一种疾病的不同状态和过程进行精确分类，从而在此基础上对于疾病和特定患者设计个性化精准治疗方案。

3 回答179 围观

问检测scRNA-seq数据特定关键代谢基因在描述果蝇眼睛发育细胞凋亡的代谢方面是有效的，在单细胞分辨率中绘制代谢全景的方法有哪些

sswei

可用荧光显微图像和MALDI-成像（基质辅助激光解吸/电离）的特殊形式质谱结合使用。

3 回答245 围观

问在反转录制备cDNA的第一阶段，加入引物和模板RNA以后，需要65°℃变性处理5分钟，有什么作用？为什么？

juyue2010

主要是为了打开RNA中的二级结构，产物引物于模版结合

3 回答2072 围观

问做细胞增殖实验，可以用丙酮作为药物溶剂吗？ dmso溶解度太小，无法保证0.1%。

loveliufudan

丙酮可以用作药物溶剂，但需要注意以下几点：细胞对丙酮的敏感性较大，丙酮浓度过高会对细胞产生毒性作用，因此需要控制丙酮的浓度，一般建议不要超过0.5%。丙酮溶解药物的能力较差，需要根据药物的性质选择合适的溶剂。如果 DMSO 溶解度太小，可以考虑使用其他的溶剂，如甲醇、乙醇等。在实验过程中，应该设置合适的对照组，以评估丙酮对实验结果的影响。同时，还应该对丙酮进行空白对照实验，以确定是否会对实验结果产

5 回答1775 围观

问抗体纯化后的甘氨酸需要去除吗？甘氨酸的影响大吗？

是TTT

抗体纯化后的甘氨酸需要去除，甘氨酸的影响倒是不大，但是一般都会进行洗脱去除

5 回答1256 围观

问细胞铁死亡在光镜下能看到变化吗

dxy_mqg1dtg8

可以在投射电子显微镜下看线粒体的变化，发生铁死亡的细胞线粒体会变小，

6 回答893 围观

问链霉亲和素与生物素

是TTT

结合条件有三个:配体的种类，结合的程度，依附的部位生物素修饰的多肽正常连即可

3 回答1453 围观

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