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        关于蛋白质组学中unique peptide数目的筛选

        相关实验:实质等同性(蛋白质组学)实验

        user-title

        lide658

        大家好:

        我对质谱数据用MaxQuant软件进行搜库,然后得到一个txt的文件夹,我想知道实验一共鉴定到多少个unique peptide,请问应该用txt文件中的哪一个文件以及具体筛选流程是什么?

        谢谢大家!

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        2 个回答

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        在MaxQuant软件中进行质谱数据搜库后,会生成一个包含多个txt文件的文件夹。要确定实验一共鉴定到多少个unique peptide,您可以使用"peptides.txt"文件,并按照以下步骤进行筛选:

        1. 打开"peptides.txt"文件,这个文件包含了鉴定到的所有肽段的信息。

        2. 根据您的需求,确定unique peptide的定义。在MaxQuant中,unique peptide是指在鉴定结果中仅出现一次的肽段。

        3. 在"peptides.txt"文件中,找到并筛选出满足unique peptide定义的肽段。您可以根据"Unique (Groups)"或类似的列进行筛选,选择只出现一次的肽段。

        4. 统计筛选后的结果,即为实验中鉴定到的unique peptide的数量。

        请注意,MaxQuant软件的版本和具体设置可能会导致文件名和列的名称有所不同。确保在使用特定的文件和列时,根据您使用的MaxQuant版本进行确认。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        txt文件中包含了peptide的数目,里面有一个“peptide=的代码”

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