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        怎么设计重叠延伸PCR(点突变)的引物?

        相关实验:重叠延伸 PCR

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        阿荷荷儿

        图片描述现需要将ARR6DNA序列中编码氨基酸D(天冬氨酸,GAT)的基因突变为编码氨基酸N(天冬酰胺,AAT)的基因,即G变为T的点突变。将重叠延伸PCR得到点突变以后的序列后,需要用质粒pRTL2构建表达载体,因此设计引物时要考虑加入酶切位点。

        ARR6的基因如下图所示:需要点突变的DNA位置已经在图中用红色标出图片描述

        下图是表达载体质粒pRTL2的图谱:图片描述

        下图是连接载体质粒的图谱:图片描述要求设计两对引物(15-30bp)在突变点后至少有14对碱基,Tm在55-72度之间,引物之间Tm相差小于3度,G/C值40%-60%,deltaG绝对值小于3。请问大神设计引物的流程,是分别设计三次PCR的引物吗?还是每次PCR都要单独考虑?

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        3 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        多位点突变的话,推荐用back to back的引物设计思路,就是引物刚好不重叠,突变位点在引物的5'末端,这种设计方法好处是因为不存在引物二聚。

        user-title

        阿荷荷儿user-title

        这个实验是单个位点突变,5’端有重叠部分,另外想问下如何验证引物的可行性?包括插入的酶切位点能不能使用?

        user-title

        Keven轩

        有帮助

        需要根据你想获得的突变片段序列来进行设计,一般长度不要太长,否则两端可能无法配对

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        可以遵循以下流程:

        1. 确定突变点:根据ARRG基因序列,确定编码氨基酸D(天冬氨酸)的基因突变位置,即G变为T的点突变。

        2. 分析突变点周围的序列:确定突变点后至少14对碱基的序列,以便设计引物。

        3. 引物设计:根据以下要求设计两对引物:

        • 引物长度:15-30个碱基。

        • 引物间隔:突变点后至少14对碱基。

        • 引物Tm:引物的熔解温度(Tm)应在55-72度之间。

        • 引物Tm差异:两对引物的Tm差异应小于3度。

        • G/C含量:引物的G/C含量应在40%-60%之间。

        • ΔG值:引物的自由能变化(ΔG)绝对值应小于3。

        4. 酶切位点添加:考虑在引物的5’端添加适当的酶切位点,以便后续构建表达载体时进行克隆操作。

        在引物设计时,可以同时考虑两对引物,以满足设计要求。确保引物之间的Tm差异较小,以避免扩增效率的差异。

        需要注意的是,每次PCR都要单独考虑引物设计,因为不同的PCR扩增条件(例如模板浓度、引物浓度、PCR缓冲液等)可能会对引物的设计和性能产生影响。


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