做GSEA富集分析之前，可以先筛选差异基因吗？
月夜踏马
如题…
网上说的都是将全部基因纳入。请问，先设立一个阈值，剔除部分基因后，再进行GSEA分析可以嘛？
3 个回答
秋秋欣欣
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可以的，如果你基因比较多的话。
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将全部基因纳入先设立一个阈值，剔除部分基因后，再进行GSEA分析是可以的
粥辰辰辰辰
有帮助
常规富集分析必须先做差异筛选
用筛选的基因(无论多少)进行功能富集,这种方式可能由于筛选参数的不合理导致漏掉一些关键信息。 而GSEA无需做差异分析,直接拿所有基因的表达量即可找到实验组和对照组有一致性差异的感兴趣的通路
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