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        HLA高分序列确定

        相关实验:DNA 序列分析技术

        user-title

        Miao夏

        本人在做HLA过表达构建,举个例子

        用HLAminer预测了抗原的HLA亲合,提示了几个HLA, 比如我想知道HLundefinedA02:01的序列,登入IPD- IMGT/HLA后,发现有更高分的HLA-undefined02:01:03 、undefined02:01:01…这种,他们都属于undefined02:01家族的呀,我怎么确定undefined02:01的序列呢? 问了一些人也没有给出太好的回复,希望有人能解答!

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        3 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        IMGT/HLA数据库中查找“HLA-A02:01”,然后选择一个具有最高分数的亚型来进行匹配,因此有利于研究的顺利进行,获得正确结果。

        user-title

        Miao夏user-title

        谢谢您的回答!我理解的意思是选择最分数的亚型,比如HLundefinedA02:02:01是占绝大多数(且跟我研究的分子B有匹配),用其序列去代表HLundefinedA02:01么?

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可以按照初始序列推测,先得到家族序列然后按照初始序列推测

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        在PD-IMGT/HLA数据库中,HLA序列的命名通常会包含HLA分子的分型信息,例如HLA-A02:01:01:01表示HLA-A分子的第一个亚型,而HLA-A02:01:01:02表示HLA-A分子的第二个亚型。对于某些分子,可能会存在多个亚型,如您所述的HLA-A02:01:01和HLA-A02:01:03。其中,HLA-A02:01:01和HLA-A02:01:03具有不同的多态性,即它们在HLA-undefined02:01分型的某些位点上存在差异。因此,它们的序列也会略有不同。

        如果您想了解HLA-A02:01分子的共同序列,可以在PD-IMGT/HLA数据库中搜索“HLA-A02:01”,然后选择一个亚型进行查看。通常来说,选择一个具有最高分数的亚型是比较合适的选择,因为这意味着该亚型与您的HLA分型匹配度最高。然后,您可以在该亚型的详细信息页面上找到该HLA分子的序列信息。请注意,由于HLA分子具有高度多态性,因此即使是相同分型的HLA分子在序列上也可能存在差异。因此,如果您正在进行HLA构建和表达实验,请务必确认您选用的HLA序列与您感兴趣的分子是匹配的。

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