• 我要登录|
  • 免费注册
    |
  • 我的丁香通
    • 企业机构:
    • 成为企业机构
    • 个人用户:
    • 个人中心
  • 移动端
    移动端
丁香通 logo丁香实验_LOGO
搜实验

    大家都在搜

      大家都在搜

        0 人通过求购买到了急需的产品
        免费发布求购
        发布求购
        点赞
        收藏
        wx-share
        分享

        如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构

        互联网

        16702

        问题如下


        我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列?


        基因的内含子和外显子的序列


        在NCBI找到基因序列之后,要确定其内含子和外显子的序列是比较简单的。如果是RefSeq序列的话,那就更加容易了。简单的思路就是跟基因组序列比对就行了。

        % 用NCBI的Splign工具,详见:图解:如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 。


        % 但由于猪KIT(FJ938289)基因不是Refseq序列。这就比较难了,由该序列的注释可知(/chromosome="8),该序列是属于第8号染色体。


        % 所以先确定猪(Pig,Sus scrofa)的第8号染色体是否已经测完序了。先在Taxonomy数据库搜索,得到Taxonomy ID: 9823。直接用关键词

        txid9823[Organism:noexp] 搜索Genome数据库。猪有19条染色体,结果为11。

        % 但其中并没有第8号染色体的。所以要确定猪KIT(FJ938289)基因的内含子和外显子的序列,好像就不大可能了。反正我是没办法了。


        基因结构图


        1,NCBI提供的Graphics工具


        在NCBI搜索FJ938289之后,接下来用NCBI提供的Graphics工具来查看,就能知道基因的内含子和外显子的序列了(同时也是一个基因结构图哦)。

        2,GSDS在线工具:基因结构图


        猪KIT(FJ938289)基因运行后的结果看


        这个网站界面都很简单,所以就不多讲了,不过不够智能。


        3,用BioPerl也用画基因结构图


        详看:Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图


        ~完。应该还有其它画图漂亮的工具,但我都没用过,所以就不大清楚阿。


        (责任编辑:大汉昆仑王)

        ad image
        提问
        扫一扫
        丁香实验小程序二维码
        实验小助手
        丁香实验公众号二维码
        扫码领资料
        反馈
        TOP
        打开小程序