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请问有什么软件可以筛选出序列中的hairpin structure??

就是在一篇文章中他们从一个序列数据库中筛选可能的miRNA,第一步是筛选可能的带hairpin的miRNA的precusor。他使用的是一个perl编辑的程序,可是肯定不会共享,看到其他的文章也是用了自己的程序,请问有没有免费的现成的程序可以用????文章在下面!!!The Arabidopsis genome version 3 and the O. sativa genomereleased by The Institute for Genome Research ( ...

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【资源】siRNA 设计 英文介绍 挺详细

siRNA Design1. Select siRNA 19-mersFirst, look around in the literature if any siRNA for your gene has been already made or have a look at siRNA Database (small though)There is a growing numbers of tools for selection of siRNA 19-mers based on a provided cDNA sequence. We use siRNA Selection Program devo ...

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【共享】RNAi实验的网站 This Caenorhabditis elegans RNAi feeding library

这个是应用feeding的方法在线虫中应用RNAi,据研究称这是应用于线虫高通量RNAi最佳的方法。不过这个library的价格不知道怎样,不知道国内有没有买到这个library的实验室,如果有不知道分享价格如何?我拟使用该方法进行线虫基因组范围内的RNAi,哪位有这方面的经验能否赐教一二 谢谢。http://www.hgmp.mrc.ac.uk/geneservice/reagents/products/descri ...

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【共享】端粒长度的定量测量

端粒长度的测量方法,是通过实时荧光定量PCR进行的,希望对做端粒的同行有所帮助!文件613k,无法上传,贴前言来共享吧。INTRODUCTIONThe traditional method of measuring telomere length insamples of total human genomic DNA determines a meanterminal restriction fragment (TRF) length (1). The methodrequires large a ...

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Times Asia Edition对 今又生 研究及上市情况的简要报道

2006年10月23日Times Asia Edition对 今又生 研究及上市的的报道原文连接:http://www.time.com/time/asia/covers/501061030/profiles.html相关连接(这个也很有意思):http://www.time.com/time/asia/~undefined*~LyesGroundbreakersFrom_biotech_to_nanotech~E_three_Chinese_pioneers_look_to_lead_the_nat_...

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【交流】PCR的问题分析

贴出我的问题来晒晒,也很郁闷的一件事。相同方法提Case & Control两组DNA,同时扩增片断A(易扩增),问题Case组结果良好,而Control组没有结果;于是分别混出一支mix。Nanodrop测浓度:见二者结果相仿,就又把A扩了一遍。下图中2-7道为模扳上样梯度。鉴于Nanodrop的比值没有太大偏差,考虑control溶液中的其他未知杂质,采取酚-氯仿-异戊醇重新抽提、乙醇沉淀洗盐纯化,原体积1/2的ddH2 ...

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【共享】匹兹堡大学教程:DNA序列分析

美国匹兹堡大学的DNA序列分析课程,包括引物设计、酶切等过程的生物信息学分析。Data Analysis ToolsQuEST - ChIP-seq data analysis packageHOMER - Hypergeometric Optimization of Motif Enrichment -- ChIP-seq and Motif DiscoveryBowtie - An ultrafast memory-efficient short read alignerTophat - A spliced re ...

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【共享】 假基因的研究进展 【申请加分】

假基因的研究进展来自:http://www.sciei.com/bbs/dispbbs.asp?boardID=27&ID=552&page=1随着人类基因组计划不断深入,对于占人类基因组97%的非表达序列的研究也逐渐成为热点。在基因克隆和基因表达研究的过程中,返座假基因是我们经常碰到的问题。本文不仅对返座假基因的结构特征进行了小结,并且对返座假基因编码潜能、返座机理以及在进化过程中的作用进行了综述,并报道了该领域的研 ...

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【共享】核酸疫苗概况

核酸疫苗(nucleic acid vaccine),也叫基因疫苗(genetic vaccine)、核酸免疫(nucleic acid immunization)、DNA免疫(DNA based immunization),它是利用基因重组技术直接将编码某种抗原蛋白的外源基因(DNA)与质粒重组后,直接导入动物细胞内,并通过宿主细胞的转录系统合成抗原蛋白,诱导宿主产生对该抗原蛋白的免疫应答,以达到预防和治疗疾病的目的。核酸疫苗包括DNA疫苗( ...

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【转帖】深圳华大完成桑蚕基因组重测序

《科学》:我国完成桑蚕大规模基因组重测序并绘制完成世界第一张基因组水平上的蚕类单碱基遗传变异图谱北京时间8月28日凌晨2时,由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际权威学术刊物《科学》上发表,这是科学家继2003年在家蚕基因组研究领域取得进展后的又一重要成果。该研究由中国工程院院士、著名蚕学家向仲怀教授带领完成;西南大学教授、中国家蚕基因组主要 ...

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【共享】碱法质粒抽提

碱法质粒抽提用到三种溶液:溶液I,50 mM葡萄糖 / 25 mM Tris-Cl / 10 mM EDTA,pH 8.0;溶液II,0.2 N NaOH / 1% SDS;溶液III,3 M 醋酸钾 / 2 M 醋酸。具体分析及原理:1,25 mM Tris-Cl。控制溶液的pH。2,50 mM葡萄糖。悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部。3,10 mM EDTA,pH 8.0。EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属离子的螯合剂,抑制DNase的活性,和抑制微生物生长。在溶液I中加入高达 10 mM 的EDTA,是要把大肠杆菌细胞中的所有 ...

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【交流】分子杂交技术

分子杂交技术互补的核苷酸序列通过Walson-Crick碱基配对形成稳定的杂合双链分子DNA分子的过程称为杂交。杂交过程是高度特异性的,可以根据所使用的探针已知序列进行特异性的靶序列检测。  杂交的双方是所使用探针和要检测的核酸。该检测对象可以是克隆化的基因组DNA,也可以是细胞总DNA或总RNA。根据使用的方法被检测的核酸可以是提纯的,也可以在细胞内杂交, 即细胞原位杂交。探针必须经过标记,以便示踪和检测。使用最普遍 ...

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【原创】DNA连接 经验总结与分享 (新版)

此贴是本人在2008年的一篇原创帖子“连接经验分享”主体基础上更新、完善而来的版本。6年的时间让我从研究生变成了老师,一路走来,颇多感慨。丁香园一直是一个好伙伴,我也从新人变成了铁杆战友。前些天有人让我给学生讲讲分子克隆技术,就翻出这篇连接经验,完善后讲给学生,仍然很受欢迎。岁月改变了我们的生活和容颜,而不变的是那些历久弥新的经验之谈。讲完之后我就想,要把这篇新版“连接经验”重新发到丁香园上来,来帮助广大战友多获成果 ...

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【资源】免费赠送可做任意基因克隆的试剂盒.

上海##生物技术有限公司开展免费赠送Seamless Cloning kit活动。任何科研用户填写完整以下问卷都有获赠一个单价688元的Seamless Cloning kit的机会。本次活动计划赠送50个Seamless Cloning kit,本次活动赠送的kit为正式产品,非试用装。Seamless Cloning kit采用与传统方式不同的基因克隆方法,可以将目的基因定点,定向克隆到目的载体,具有简单,快速,高效的特点。可以绕过传统 ...

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【共享】小分子 microRNA 百传生物

microRNA作用机制上海百传生物科技有限公司(Shanghai Bio-Tran Bio-Technology Ltd)是一家集研发,生产、销售和服务为一体的生物高科技企业,专业研发生产具有自主知识产权的分子生物学实验研究用产品,包括干扰核酸(siRNA)、微核酸(microRNA)、反义核酸(antisense RNA等)动物体内转染试剂盒、体外细胞株转染试剂盒、原代细胞转染试剂盒、DNA转染试剂盒、细胞凋亡检测试剂盒(TUN ...

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【共享】质粒的大量抽提方法,抽提的质粒的质量和浓度都不错

这种方法抽提的质粒质量和浓度都不错,是我们实验室根据标准方法改进后总结出来的,和大家共享,希望能加点分。1、前一天晚上将要抽提的菌种接种一单菌落到盛有100mL 液体培养基的500mL三角瓶中,于37℃,250rpm摇床培养过夜。2、将此培养液转移至2个50mL离心管中,5000rpm离心10分钟,弃上清液。3、向2个离心管中各加5mL SolI,剧烈振荡使菌体尽可能均匀重悬。4、向2个离心管中各加10mL SolII,轻轻颠 ...

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【公告】核酸技术版零应助贴整理2007.8.1-2007.8.10,请大家积极参与讨论,加分从优!

〓〓〓〓〓〓〓〓〓〓 2007年零应助帖/疑难帖集合〓〓〓〓〓〓〓〓〓〓 已应助帖不代表求助已经解决,鼓励战友继续积极应助,加分机会与尚未应助帖均等不规范贴不在此次整理范围,请大家规范发贴.涉及商业相关和未叙述清楚帖不在整理范围,请大家理解.1. 【求助】关于RNAi载体的使用http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=64&id=9646712&sty=1&tpg=18&age=02. 【求助】请教:如何用PEI将质粒转入动物体内? ...

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序列测定的技术和策略

Sanger法DNA测序的试剂1.引物  酶促测序反应中利用一个与模板链特定序列互补的合成寡核苷酸作为DNA合成的引物。在许多情况下,可将靶DNA片段克隆于M13噬菌体或噬菌粒载体,以取得单链DNA分子作为模板。但也可以采用Sanger 法商定变性双链DNA模板的序列。在以上两种情况下, 都可以采用能与位于靶DNA侧翼的载体序列相退火的通用引物,而不必取得与未知DNA序列互补的引物。适于M13噬菌体重组克隆的通用测序引 ...

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基因微陣列之簡介及其應用(ZT)

链接如下。http://140.112.78.220/~brc/Research/Biomed/Biomed2-7.htm或许有朋友看不到。故再贴一遍。因微陣列之簡介及其應用       陳 健 尉               科學家預計於西元 2003 年,媲美 60 年代登月計劃的人類染色體組研究計劃將結束其長達約十五年的漫長發展過程 (1)。屆時,人類四十六條染色體九成五以上將定序完畢 (解開遺傳密碼),大部分的模式生物 (model organisms) 亦可望完成定序工作,全球的生命科學家也隨著這一天 ...

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【共享】mRNA的一些技术

组织和细胞RNA的制备一、 组织和细胞总RNA提取:异硫氰酸胍法(一)试剂准备1.CSB缓冲液:42mM柠檬酸钠;0.83% N-lauryl sarcosine(十二烷基,N甲基甘氨酸钠);0.2 mM β-巯基乙醇。2.变性液:异硫氰酸胍(终浓度 4 M)25g、CSB缓冲液 33ml,混合直至完全溶解,可在65℃助溶。4℃保存备用。3.2 M乙酸钠:pH 4.0。4.异丙醇5.无水乙醇、70%乙醇6.酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)7.DEPC H2O:100ml ddH2O中,加 ...

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