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        【求助】RT-PCR判断RNA方向

        丁香园论坛

        4254
        大家好,有个十万火急的问题想得到大家的帮助:

        我们经过深度测序找到了一批rna,由于得到的序列结果是测序时的RNA经过公司逆转录并扩增成为PCR产物的序列,所以现在需要设计两个不同方向的逆转录引物,进行RT-PCR,确定RNA到底是正义链上的还是反义链上的序列,之前做的都挺好的,但是后来发现所有的序列都是两个方向都有的。。。而且之前的实验结果也重复不出来了。。。。我已经把所有RT-PCR过程中用到的试剂都换了一遍,还是不行。。。。不知道是什么原因,请大家帮帮我,谢谢大家!

        顺便说下,我还做了两个control,一个是在RT时,不加逆转录酶,其他东西都加;另一个control 是在PCR阶段,不加cDNA模板,但是跑了胶之后发现这两个control都没有带,看起来都没问题。但RNA还是两个方向。。。
        没人帮我么,拜托大家了,谢谢
        kw412573902 wrote:
        大家好,有个十万火急的问题想得到大家的帮助:

        我们经过深度测序找到了一批rna,由于得到的序列结果是测序时的RNA经过公司逆转录并扩增成为PCR产物的序列,所以现在需要设计两个不同方向的逆转录引物,进行RT-PCR,确定RNA到底是正义链上的还是反义链上的序列,之前做的都挺好的,但是后来发现所有的序列都是两个方向都有的。。。而且之前的实验结果也重复不出来了。。。。我已经把所有RT-PCR过程中用到的试剂都换了一遍,还是不行。。。。不知道是什么原因,请大家帮帮我,谢谢大家!

        顺便说下,我还做了两个control,一个是在RT时,不加逆转录酶,其他东西都加;另一个control 是在PCR阶段,不加cDNA模板,但是跑了胶之后发现这两个control都没有带,看起来都没问题。但RNA还是两个方向。。。


        随机引物不就行了吗?深度测序,肯定是双向的呀。正反向,没啥关系吧,都一样做法。后期做PCR,不管正反链都能P出来的呀
        跟着楼主的问题搭个顺风车吧。如果我想研究某一mRNA的降解情况,特别是想了解它是从5‘端还是从3’端开始讲解,有没有一种可能,就是通过在mRNA的不同位置设计不同的引物,然后进行rt-pcr分析,最终判断是哪一端最先开始降解?
        zitong1983 wrote:
        跟着楼主的问题搭个顺风车吧。如果我想研究某一mRNA的降解情况,特别是想了解它是从5‘端还是从3’端开始讲解,有没有一种可能,就是通过在mRNA的不同位置设计不同的引物,然后进行rt-pcr分析,最终判断是哪一端最先开始降解?


        mRNA一般就是5端开始降解。
        你想通过设计引物法,其实不是很靠谱,因为一个mRNA,同时会有很多拷贝,并非降解程度都完全一样的。
        这个可以参考一下affymetrix的芯片原理,可以通过对整条mRNA,不同部分设计探针,通过杂交,然后比较不同位置探针发出的荧光信号强弱,可以判断哪些区域完整性更好。
        zjubell wrote:
        mRNA一般就是5端开始降解。
        你想通过设计引物法,其实不是很靠谱,因为一个mRNA,同时会有很多拷贝,并非降解程度都完全一样的。
        这个可以参考一下affymetrix的芯片原理,可以通过对整条mRNA,不同部分设计探针,通过杂交,然后比较不同位置探针发出的荧光信号强弱,可以判断哪些区域完整性更好。

        非常感谢回复。再多问一句,根据你提到的affymetrix的芯片原理,那么通过northern blot是不是同样可以判断哪些区域完整性更好而其它区域已经降解?
        zitong1983 wrote:
        非常感谢回复。再多问一句,根据你提到的affymetrix的芯片原理,那么通过northern blot是不是同样可以判断哪些区域完整性更好而其它区域已经降解?

        哈哈,affymetrix的芯片杂交原理,就是northern啦,他就是DNA与RNA杂交的。
        zjubell wrote:
        哈哈,affymetrix的芯片杂交原理,就是northern啦,他就是DNA与RNA杂交的。


        受教了,非常感谢~

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