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        【求助】wnt信号通路

        丁香园论坛

        3495
        有哪位前辈用EMSA检测过wnt通路Tcf-4的DNA结合能力,结果出的如何。我们实验室还没做过,我想了解一下EMSA实验步骤,打算做药物干预前后Tcf-4的DNA结合能力变化,请问是否可行?望高手多多指点!:)
        没有作过wnt通路Tcf-4的DNA结合能力。不一定别人没有作过,你就做不出来。按照EMSA实验步骤进行,完成实验应该没有问题。不知道是做非放射性的EMSA还是放射EMSA。

        非放射EMSA实验技术可以参照:
        http://www.dxy.cn/bbs/thread/10756235

        放射EMSA步骤提供一个:
        http://www.dxy.cn/bbs/thread/11248560
        EMSA的方法 程序:

        1.探针的标记:
        (1) 如下设置探针标记的反应体系:
        待标记探针 (1.75pmol/微升) 2微升
        T4 Polynucleotide Kinase Buffer (10X) 1微升
        Nuclease-Free Water 5微升
        [γ-32P]ATP(3,000Ci/mmol at 10mCi/ml) 1微升
        T4 Polynucleotide Kinase (5-10u/微升) 1微升
        总体积 10微升
        按照上述反应体系依次加入各种试剂,加入同位素后,Vortex混匀,再加入T4 Polynucleotide
        Kinase,混匀。
        (2) 使用水浴或PCR仪,37℃反应10分钟。
        (3) 加入1微升探针标记终止液,混匀,终止探针标记反应。
        (4) 再加入89微升TE,混匀。此时可以取少量探针用于检测标记的效率。通常标记的效率在30%以上,即总放射性的30%以上标
        记到了探针上。为实验简便起见,通常不必测定探针的标记效率。
        (5) 标记好的探针最好立即使用,最长使用时间一般不宜超过3天。标记好的探针可以保存在-20℃。
        2。 . 探针的纯化:
        通常为实验简便起见,可以不必纯化标记好的探针。在有些时候,纯化后的探针会改善EMSA的电泳结果。如需纯化,可以按照如
        下步骤操作:
        (1) 对于100微升标记好的探针,加入1/4体积即25微升的5M醋酸铵,再加入2体积即200微升的无水乙醇,混匀。
        (2) 在-70℃至-80℃沉淀1小时,或在-20℃沉淀过夜。
        (3) 在4℃,12,000g-16,000g离心30分钟。小心去除上清,切不可触及沉。
        (4) 在4℃,12,000g-16,000g离心1分钟。小心吸去残余液体。微晾干沉淀,但不宜过分干燥。
        (5) 加入100微升TE,完全溶解沉淀。标记好的探针最好立即使用,最长使用时间一般不宜超过3天。标记好的探针可以保存在
        -20℃。
        3。EMSA 胶的配制:
        (1)
        准备好倒胶的模具。可以使用常规的灌制蛋白电泳胶的模具,或其它适当的模具。最好选择可以灌制较薄胶的模具,以便于干胶等后续操作。为得到更好的结果,可以选择可灌制较大
        EMSA 胶的模具。
        (2) 按照如下配方配制20毫升4%的聚丙烯酰胺凝胶(注意:使用29:1等不同比例的Acr/Bis对结果影响不大)。
        TBE buffer (10X) 1毫升
        重蒸水 16.2毫升
        39:1 acrylamide/bisacrylamide (40%,w/v) 2毫升
        80% 甘油 625微升
        10% 过硫酸铵 (ammonium persulfate) 150微升
        TEMED 10微升
        (3) 按照上述次序加入各个溶液,加入TEMED前先混匀,加入TEMED后立即混匀,并马上加入到制胶的模具中。避免产生气泡,
        并加上梳齿。如果发现非常容易形成气泡,可以把一块制胶的玻璃板进行硅烷化处理。
        4。EMSA结合反应:
        (1) 如下设置EMSA结合反应(预期的结果参见图1):
        阴性对照反应:
        Nuclease-Free Water 7微升
        EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) 2微升
        细胞核蛋白或纯化的转录因子 0微升
        标记好的探针 1微升
        总体积 10微升
        样品反应:
        Nuclease-Free Water 5微升
        EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) 2微升
        细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
        标记好的探针 1微升
        总体积 10微升
        探针冷竞争反应:
        Nuclease-Free Water 4微升
        EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) 2微升
        细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
        未标记的探针 1微升
        标记好的探针 1微升
        总体积 10微升
        突变探针的冷竞争反应:
        Nuclease-Free Water 4微升
        EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) 2微升
        细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
        未标记的突变探针 1微升
        标记好的探针 1微升
        总体积 10微升
        Super-shift反应:
        Nuclease-Free Water 4微升
        EMSA/Gel-Shift结合缓冲液(5X) 2微升
        细胞核蛋白或纯化的转录因子 2微升
        目的蛋白特异抗体 1微升
        标记好的探针 1微升
        总体积 10微升
        (2)
        按照上述顺序依次加入各种试剂,在加入标记好的探针前先混匀,并且室温(20-25℃)放置10分钟,从而消除可能发生的探针和蛋白的非特异性结合,或者让冷探针优先反应。然后加入标记好的探针,混匀,室温(20-25℃)放置20分钟。

        (3)
        加入1微升EMSA/Gel-Shift上样缓冲液(无色,10X),混匀后立即上样。注意:有些时候溴酚蓝会影响蛋白和DNA的结合,建
        议尽量使用无色的EMSA/Gel-Shift上样缓冲液。如果对于使用无色上样缓冲液在上样时感觉到无法上样,可以在无色上样缓冲液里面添加极少量的蓝色的上样缓冲液,至能观察到蓝颜色即可。
        5。 电泳分析:
        (1)
        用0.5XTBE作为电泳液。按照10V/厘米的电压预电泳10分钟。预电泳的时候如果有空余的上样孔,可以加入少量稀释好的1X
        的EMSA上样缓冲液(蓝色),以观察电压是否正常进行。
        (2)
        把混合了上样缓冲液的样品加入到上样孔内。在多余的某个上样孔内加入10微升稀释好的1X的EMSA/Gel-Shift上样缓冲液
        (蓝色),用于观察电泳进行的情况。
        (3)
        按照10V/厘米的电压电泳。确保胶的温度不超过30℃,如果温度升高,需要适当降低电压。电泳至EMSA/Gel-Shift上样缓
        冲液中的蓝色染料溴酚蓝至胶的下缘1/4处,停止电泳。
        (4) 剪一片大小和EMSA胶大小相近或略大的比较厚实的滤纸。小心取下夹有EMSA胶的胶板,用吸水纸或普通草纸大致擦干胶板边
        缘的电压液。小心打开两块胶板中的上面一块(注:通常选择先移走硅烷化的那块玻璃板),把滤纸从EMSA胶的一侧逐渐覆盖住整个EMSA胶,轻轻把滤纸和胶压紧。滤纸被胶微微浸湿后(大约不足1分钟),轻轻揭起滤纸,这时EMSA胶会被滤纸一起揭起来。把滤纸侧向下,放平,在EMSA胶的上面覆盖一层保鲜膜,确保保鲜膜和胶之间没有气泡。

        (5) 干胶仪器上干燥EMSA胶。然后用X光片压片检测,或用其它适当仪器设备检测。
        非常感谢!:)
        从你的描述来看,我觉得不可行.你做的是药物刺激前后TCF4和DNA的结合能力,这种结合不是长时的,只是由于某种修饰或者相互作用的改变而造成的,所以你做EMSA时不可能检测到.再者一般认为TCF4和DNA是一直处于结合状态。
        如果要想检测的话,我觉得应该用ChIP,如果你的抗体好的话,做这个不成问题。
        昨天的回复太匆忙了,所以没有说清楚。
        TCF4/LEF1它们是一直接合在DNA上面的,接受信号刺激之后,如Wnt ligand之后,与之相互作用的一些蛋白发生了改变,如beta-catenin 可以把一些co-repressor(Grouch,TLE)竞争掉,以此来激活下Wnt-responsive gene。所以我觉得你的方案不可行。如果是想做ChIP,也不能用TCF4,而应该选一些其它的因子,如HDAC, P300,catenin之类的。
        不知道你是想做什么,如果你的药物能modulate Wnt通路,我想你可以有别的方法去做,而不是你说的EMSA。

        鼓励一把! by kaige88

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