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        如何确定已有目的基因的CDS在DNA上是完整的,而不是拼接得来的,即如何确定该目的基因的CDS在DNA上没有内含子的插入。

        相关实验:蛋白定量技术

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        dxy_efuv5i55


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        3 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        内含子外显子都是相对的,在可变剪切情况下有些内含子就变成了外显子。大多数物种有基因组数据库如拟南芥的TAIR网站(www.arabidopsis.org),在数据库中搜索基因名,上面有相对准确的外显子内含子标注(可变剪切的存在导致外显子内含子并不是绝对的)

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可以验证内含子的序列通过互补来验证是否插入

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        要确定目的基因的CDS(编码序列)在DNA上是完整的,您可以采取以下步骤:

        从您感兴趣的生物体中提取基因组DNA,并进行PCR扩增该基因的CDS区域。PCR扩增时,您可以选择引物位于CDS的两端,以扩增整个CDS。

        将PCR扩增产物进行凝胶电泳分析,确认扩增的片段大小是否与预期一致。如果扩增产物的大小与预期一致,那么这个基因的CDS就可能是完整的。

        可以将PCR产物进行测序,以确认CDS序列的完整性。您可以选择将PCR产物克隆到质粒载体上,然后进行Sanger测序,或者直接对PCR产物进行下一代测序(NGS)分析。

        比对序列数据,确认CDS序列是否有内含子插入。如果存在内含子插入,CDS序列与参考序列的比对结果将会呈现不连续的区域,且不同的外显子之间会有Intron的存在。

        除了以上方法,还可以使用转录组数据或RNA测序技术,通过检测目的基因的mRNA,进一步确认该基因的CDS是否完整。如果检测到mRNA,且mRNA的序列覆盖整个CDS区域,那么这个基因的CDS就可能是完整的。

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