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        【原创】popgene文件格式输入的简单教程-高手就不必看了

        丁香园论坛

        9384

        为了突破0,今天上来贡献点,小生最近在做分子标记的分析,用popgene做种群的聚类分析,想必做过popgene的都知道分析挺简单的,就是popgene文件要求的格式输入比较严重,有一点不对,就算不了,闲言少述,下面我将自己的经验全盘奉上:

        1.dominant Marker

        例如:AFLP、ISSR、RAPD这些标记都属于此类,在数据输入中,表头的格式都是固定的,如:
        ~undefinedAFLP dipiolad populationundefined/
        number of populations=3
        number of loci=216
        locus name:

        r1 r2 r3 r4 r5 r6 r7 r8
        locus name:下面输入loci名称,接下来才是关键。空一行,输入“name = ”即你第一个群的名称。接着按照如下规则来输入数据:行代表种群中的个本在位占上的扩增,有带记为1,无为0,无值用“.”代替。一个样品一行;列代表扩增的位点。只要按照这个方法输入你会发现很简单了【原创】popgene文件格式输入的简单教程-高手就不必看了输数据最快捷的方式就是借用EXCEL中的“选择性粘贴”中的“转置”,你选好样品的01矩阵后copy到新的excel中,右击出现选择性粘贴的选项。接下来的分析你只要按说明进行即可。

        2.con-dominant Marker

        例如:SSR标记,在此处与dominant Marker不同之处就是数据用基因型来代替。如一个loci有4个alleles,只需将四个alleles按从小到大的顺序排列,分别用A,B,C,D四个字母来替代。这样loci的扩增则表示为AA、BB、AB、BD等,相同字母为纯合子,不同即为杂合子,无扩增则用“..”表示。例如:

        ~undefinedSSR dipiolad populationundefined/
        number of populations=1
        number of loci=4
        locus name:
        XHPRBT SRY AMEL X22

        CC AA AC AA
        AC AA AC AA
        AD AA BC ..
        注:以上分析均只用于Diploid,Haploid我还不会,还请高手们不奢赐教!附上中英文说明,对照着看理解会更深些【原创】popgene文件格式输入的简单教程-高手就不必看了Good Luck !

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