RNA试验基础

grsun2000 采用microinspector如何进行已知序列的mirna结合位点。在tatgetscan中预测有3个位点。按照microinspector德说明怎么都运行不了。说明如下MicroInspector is running by the Tabler lab at the Institute of Molecular Biology and Biotechnology(IMBB), Heraklion, Greece and University of Plovdiv, ...

huking 小弟最近在做miRNA功能方面的实验，但不知哪家公司的mimics和inhibitor质量会比较好，价格也比较实惠。希望得到大家指点，万分感谢！freecell 做RNA，ambion比较专业。kiss9499 ambion的太贵，我定的上海吉码的，还行，也不贵。madamcurie 做RNA，ambion专业；invitrogen 也挺好；Qiagen 也挺好：国内上海吉码公司比较便宜/politician_137 上海吉玛 ...

myskite u6序列很多，用哪个都可以吗？detector350 在做microRNA相对定量检测时候，一般选用U6或者5s。myskite 我想自己设计u6的反转引物，嗯，有设计好的吗？detector350 他们那边有的，你可以发邮件询问下kiss9499 没有，直接买的试剂盒yutoubaobao 不少文献都使用U6，我推荐你也用这个。jeff_lee 不要打广告，如果有需要请直接PM楼主！coldage U6，sense：5'-CTC ...

pianpianqiwu812 求助各位老师，近期我做了6张miRNA芯片，实验组3张，对照组3张，公司给我的数据只有相对值，没有P值。原因是芯片数量少，不需要做统计学分析。这种说法是否对？还有就是在计算差异倍数时是用实验组相对值分别除以对照组的相对值，倍数在2倍以上的入选。这样计算是否对，还是倍数计算也是要有相关软件的？我在这方面真是只菜鸟，不懂的很多，公司说的我感到有些可疑。:(zhujoker 这个你在做的时候就应该 ...

lyc_urology 请问前辈，我想调节miRNA后，做MTT，请问怎么保证inhibitor在MTT孵育液中的浓度，购买的inhibitor都是多少多少nmol的量，直接拿培养基配制吗？因为我转染需要的inhibitor的浓度是50nmol。zhujoker 转染后直接检测，不需要在培养基中配制。要不的话你合成的那点足够用吗？heychristy 转染后直接检测，不需要在培养基中配制willion1985 通常 miRNA mi ...

aning2599 运用生物信息学怎么反过来预测对某个基因的具有靶向调节作用的miRNA啊？zhujoker 其实你说的这块儿还是比较空白的。因为一般说来调节什么的表达是转录因子调控，但是由于miRNA很多位于基因间，所以很多调控无从研究。而很多位于内含子中的miRNA与其目的基因还不受同一启动子调控，所以对其研究还有一条很长的路要走。pianpianqiwu812 全基因组扫描是不是可以，现在不是挺热的吗?就是有点贵 ...

临窗听雪 最近想做microRNA的microarray, 筛选一下细胞经过treatment之后microRNA的表达变化，请问有做过这个的战友吗？这种方法的可靠性怎样？另外哪家公司的比较好？灰常感谢！yanglong ABI的taqman探针 嘿嘿pianpianqiwu812 一定要找一家大公司，而且实现说好后期数据分析的事，要不虽然做了不给做数据分析，相当于只完成三分之一，原始数据没有什么很大的意义，做芯片数据分析最重要 ...

naturewm 我是刚刚开始要做microRNA，所以很多东西都不是很熟悉，希望大家能够多帮忙。我现在想要克隆一个基因的3’UTR序列到含有luciferase报告基因的载体上，3‘UTR应该是在紧邻ORF下游与polyA tail之间的序列吧，但是这样的话整个3’UTR的长度就有大概1600bp了，是不是太长了，应该选择哪一段比较好？谢谢大家不吝赐教！希望以后能和大家有更多的交流！zhujoker 1600bp不长，可 ...

light666 干了若干年临床刚开始做实验，一些弄不明白的问题，请坛内高人指点一些：①做血液来源miRNA，qRT-PCR的内参到底用哪个比较好？文章里有U6、miR-16等，但有的文章互相有点矛盾。②我的血清样品很少，每个都不到1ml。选择stem-loop逆转录好，还是poly(A)好？问了几个朋友，有的说stem-loop省RNA样品，有的说poly(A)省RNA，到底哪一个更节省一些？我如果poly(A)的方法逆转录， ...

redsky 文献已经很多报道说某一miRNA在某一组织表达特异，但大多数miRNA不只在一个组织中表达，多数是在多个组织表达，而文献也将其表述为特异性表达miRNA，这个组织特异性miRNA如何鉴定的，可以根据某一miRNA在所有组织中的表达量平均值来定吗？如果高于这个平均值就是特异的？light666 我也有这样的疑问freecell Refer to this paper,or write to the author.Identifica ...

lyc_urology 本人，研一，要转染miRNA inhibitor,请教前辈:1、转染细胞一般inhibitor多少浓度？50nM?25nM?2、而且本人转然后，需要做MTT，WESTERN等实验，这需要考虑转染效率吗？怎么来判断转染效率呢?3、顺便问一下，抑制miRNA，就买个inhibitor和阴性对照就行了吧？还需要用阳性对照吗？4、转然后分别多久做MTT、Western、克隆形成实验以及流失细胞仪测细胞周期凋亡等？ ...

肝肝的发光鞋 目前在用慢病毒包装系统构建稳定高表达miRNA的细胞株，质粒是公司构建的，表达的是pre-miRNA。有一个问题，这个pre-miRNA能剪切成3p和5p两种成熟体，我体外瞬时转染做的是3p的功能，现在我转pre-miRNA进细胞后，我如何知道其发挥的功能是哪种成熟体的作用呢？或者，我想体内实验验证miR-3p的功能，用带pre-miRNA构建稳定细胞株，可以吗？求教高人。zmzpxsz 同问，帮顶下！zhuj ...

yuanxinke 请问MicroRNA前体和mimic试剂盒有什么区别吗，现在国际上主流是使用哪种？谢谢！zhujoker 效果都是一样的，都是瞬转后能够表达成熟的miRNA。至于哪个是主流，这个就要看你的实验具体而言了，有的miRNA的mimic工作效果不好，所以有瞬转的前体了。仅供参考！路得自己走 跟着版主，再回一条！我们实验室做过mimics和基于质粒过表达miRNA前体序列，个人比较喜欢后者（还不知道是否可以转染 ...

myskite miR在宿主基因中表达方向有正有反，那么，构建表达载体（miR前体）的时候，方向的正反有关系吗？吴佰霖 miR在"宿主基因"中表达方向 相同的话，这个miRNA与宿主基因一起转录，很可能共用同一个promotermiR在"宿主基因"中表达方向 相反的话，个人认为这个宿主基因不是该miRNA的宿主基因，是重叠基因，这个miRNA也就成为一个反义RNAmyskite 看过文献，miR在"宿主基因"中表达方向 相同的话，这个mi ...

biophysics hsa-miR-3155 is not in our miRNA database.targetscan 5.1新收录的在哪个库可以预测靶基因？freecell 网上预测工具很多，你只有逐个去验证了。http://www.exiqon.com/microrna-target-predictionhttp://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_databasebi ...

zqooo 试验中涉及检测某microRNA在组织和细胞中的表达，参照文献第一步须将microRNA逆转录为cDNA,常用microRNA特异的stem-loop引物，如果参考文献由公司合成microRNA特异引物（线性），这种引物是在逆转录试验中自动形成stem-loop，再和microRNA结合，还是在逆转录实验前需要将特异引物转为stem-loop,请战友指教，谢谢。zhujoker 请参阅下帖：http://www ...

gaoyongxin 如何给提取的RNA加A尾（poly A）zjubell 先问一下，你有何目的？如果是真核的，提的RNA，一般都带polyA，如果是原核的，那你要加A做什么？gaoyongxin 我提的是血清的RNA 但是后期要做microRNA的qRT-PCRzhujoker 请参考下面这篇文献：PNAS published ahead of print July 30, 2008,doi:10.1073/pnas.0804549105Circulating m ...

lyc_urology 本人研一，需要做下调肿瘤细胞系中某一miRNA,并检测下游蛋白变化。但是用什么方法能特异有效地降低某一miRNA呢？Antagomir能用于细胞系研究吗？它与inhibitor比较哪个效果较好啊？除此之外还有什么其他方法吗？下调成功后，还想做MTT,流式细胞仪检测细胞周期，细胞克隆实验等，我应该选什么方法下调目标miRNA呢？恳请前辈赐教啊！Victor001 Ambion antisense inhi ...

biophysics RT。在miRbase数据库里只能查到pre-miRNA与成熟miRNA序列，为什么没有pri-miRNA序列呢？pri-miRNA序列查找是不是在另一个数据库？zhujoker 请参阅下面一贴：http://biochemistry.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=15429796&sty=1&下次发帖前先搜搜！biophysics zhujoker主任,我的问题是如何查找pri ...

biophysics In contrast, the expression levels of homologues of the miR-17-92 cluster,including miR-18b and miR-363 within the miR-106a-363cluster (chromosome X) and miR-10b and miR-25 withinthe miR-106b-25 cluster (chromosome 7)这是我在文章上看到的一段话，miR-17-92 cluster的同源miRN ...