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        【求助】如何查找pri-miRNA序列或其在基因组中的位置

        丁香园论坛

        14732
        RT。在miRbase数据库里只能查到pre-miRNA与成熟miRNA序列,为什么没有pri-miRNA序列呢?pri-miRNA序列查找是不是在另一个数据库?
        请参阅下面一贴:
        http://biochemistry.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=15429796&sty=1&
        下次发帖前先搜搜!
        zhujoker主任,我的问题是如何查找pri-miRNA,而不是pre-miRNA
        我觉得您可以从miRNA database 获取pre-miRNA序列,对pre-miRNA序列在GeneBank 上进行blast 就可以获得了,很简单的
        如题,我也很困惑,在miRbase上找到染色体位置如:hsa-mir16-1的前提序列>hsa-mir-16-1 MI0000070
        GUCAGCAGUGCCUUAGCAGCACGUAAAUAUUGGCGUUAAGAUUCUAAAAUUAUCUCCAGUAUUAACUGUGCUGCUGAAGUAAGGUUGAC
        找到它在基因组中位置chr13:50623109-50623197,
        对应序列>hg19_dna range=chr13:50623109-50623197 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none
        GTCAACCTTACTTCAGCAGCACAGTTAATACTGGAGATAATTTTAGAATC
        TTAACGCCAATATTTACGTGCTGCTAAGGCACTGCTGAC

        看不懂,不是包含关系
        有高手回答吗,在线等
        pri-miRNA是microRNA从DNA上转录出来的初级转录本,有可能很长上Kb,如一些miRNA簇mir-17-92,有可能只有100bp左右。目前没有想pre-miRNA和成熟miRNA的数据库供检索。当然也是可以通过一些生物信息学方法去推测的,如通过组蛋白标记H3K27me进行推断,最终还是要通过5‘RACE和3'RACE去证实到底有多长的。希望能帮助到您
        [img]file:///C:\Users\wangying\AppData\Roaming\Tencent\Users\799973360\QQ\WinTemp\RichOle\Z%WCKS5%CU_J@GY%HE9(1IC.jpg[/img]


        [img]file:///C:\Users\wangying\AppData\Roaming\Tencent\Users\799973360\QQ\WinTemp\RichOle\Z%WCKS5%CU_J@GY%HE9(1IC.jpg[/img]
        谢谢,还是不明白,很多文章都用perl API在ensemb上查找,有会的吗

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

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