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        【求助】怎么样找miRNA的同源miRNA

        丁香园论坛

        3836
        In contrast, the expression levels of homologues of the miR-17-92 cluster,
        including miR-18b and miR-363 within the miR-106a-363
        cluster (chromosome X) and miR-10b and miR-25 within
        the miR-106b-25 cluster (chromosome 7)

        这是我在文章上看到的一段话,miR-17-92 cluster的同源miRNA是如何找的?文章没有给出方法
        谢谢楼上的,miRbase显示的只是<10kb的cluster,而对于同源的并没有显示。如miR-106a-363
        cluster与miR-17-92 cluster同源
        cluster和family2个概念
        cluster是从位置上判断的,很靠近或者说是在同一个转录单位上.比如人17-92 cluster集中于13号染色体800bp左右.(我记得是这么长).
        那17-92 还有2个家族成员分别位于7号和X染色体上.
        family之间的特点是序列非常接近.可能只有1-2个非seed区域的碱基差别.
        如果找依据的话可以参见Rfam database.大部分family已经归类好了.很多microRNA相关的数据库很容易找到.

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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