【求助】运用生物信息学怎么反过来预测对某个基因的具有靶向调节作用的miRNA啊？
丁香园论坛
1990
运用生物信息学怎么反过来预测对某个基因的具有靶向调节作用的miRNA啊？
其实你说的这块儿还是比较空白的。因为一般说来调节什么的表达是转录因子调控，但是由于miRNA很多位于基因间，所以很多调控无从研究。而很多位于内含子中的miRNA与其目的基因还不受同一启动子调控，所以对其研究还有一条很长的路要走。
全基因组扫描是不是可以，现在不是挺热的吗?就是有点贵。
其实现在已经有不少研究是这样做的，通常还是利用生物信息学软件来预测针对某特定基因的miRNA分子，然后通过报告载体和体外实验来进一步证实，最后还可以通过在特定生物学背景条件下研究这种调控作用生理学功能。
这种实验思路更具有针对性，更加直接！
这种实验思路更具有针对性，更加直接！
据我所知，此网站http://www.mirbase.org/index.shtml可作预测
我们实验室最近做了个题。思路倒是可以和大家讨论一下。
在做完处理对照的small RNA测序之后，根据结构预测miRNA，之后预测靶。
再做ago1的芯片和dcl1的tiling-array。
前者用来检测靶，后者用来检测Pre-miRNA的积累。
在做完处理对照的small RNA测序之后，根据结构预测miRNA，之后预测靶。
再做ago1的芯片和dcl1的tiling-array。
前者用来检测靶，后者用来检测Pre-miRNA的积累。
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