核酸序列预测分析的基本思路：0 z' z: X4 }' L# P! }! r5 F当我们得到一个DNA序列时，一般都需要对该片段进行分析，确定它的功能区域，寻找调控区域、编码区域，预测其编码蛋白，这些就是我们研究DNA序列的目的。' }2 I. k8 Q! K# Z5 X% P5 i& e5 N核酸序列的预测就是在核酸序列中寻找基因，找出基因的位置及功能位点，以及标记已知的序列模式等过程。在此过程 ...
RiboNucleic Acid 由至少几十个核糖核苷酸通过磷酸二酯键连接而成的一类核酸因含核糖而得名简称RNA。RNA普遍存在于动物、植物、微生物及某些病毒和噬菌体内。RNA和蛋白质生物合成有密切的关系。在RNA病毒和噬菌体内，RNA是遗传信息的载体。RNA一般是单链线形分子;也有双链的如呼肠孤病毒RNA；环状单链的如类病毒RNA；1983年还发现了有支链的RNA分子。 ...
RNA快速提取程序 组织RNA的提取： 将约10～100 mg的组织块置于匀浆仪中，加入1 ml RNA快速提取试剂，进行匀浆；将匀浆液倾入1.5 ml离心管中，加入0.1体积的氯仿，振荡混合20 s；冰上放置5 min；4℃离心12 000 r.min－1 15 min。离心管中的液体分为3层: 上层为无色透明的无机相，RNA保留于此相中；下层为呈淡黄色的有机相，蛋白质 ...
第一部分RNA 提取策略1、RNA降解的原因内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因，因为人体细胞自身就是几十分钟（20min？）mRNA被降解一轮，所以不管是组织还是细胞还是液体状样本在离开其中细胞的最佳生活状态后都应该尽快的被妥善的方法保存起来。外源性RNA酶也是一个需要注意的因素，最常见的就是毛发尤其头发，灰尘，唾液，塑料手套这四个兄弟。针对它们我们应该戴帽子，口罩，橡胶无菌手套，在清 ...
动物组织样品RNA的抽提最基本的要素是防止RNA在抽提过程中降解，以及尽可能得到最高的RNA抽提效率。以下介绍我们实验室认为最符合以上两个要素的抽提方法。一、实验材料：Trizol试剂研钵，匀浆器，镊子，铝箔都高温灭菌即可；二、具体过程：1、样品在离体后应迅速冷冻在液氮中，若是比较大块的组织，要尽量把组织剪切成黄豆大小的块，使液氮迅速渗透到组织内部而防止组织内部的RNA降解。组织用铝箔包好或放入冻 ...
在所选基因的启动子后 50-100个碱基自5’-端开始寻找基因序列中的23个碱基，最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何碱基）如果找不到四个以上AA（N19）TT，则用 AA（N21）补足。如果找不到四个以上AA（N21），则用 NA（N21）补足。所选定序列中，G和C的数目的总和在总数（23）的35-55%. 满足以上1-5项要求的片段数目如果不足四个，将G和C的数目的总和放宽至总 ...
miRNA mimics是模拟生物体内源的miRNAs，运用化学合成的方法合成，能增强内源性miRNA的功能。 miRNA inhibitor是化学修饰的专门针对细胞中特异的靶miRNA的抑制剂。 近年来人工合成的miRNA（artificial miRNA，amiRNA）已经成功应用于沉默预期靶基因的表达及其功能研究， 人工合成的miRNAs既能够特异性地沉默单一基因，也可以同时沉默多个相关 ...
1 普通阴性对照siRNA实验应该有阴性对照； 通用阴性对照为与目的基因的序列无同源性的普通阴性对照； Scrambled阴性对照和选中的siRNA序列有相同的组成，但是和mRNA没有明显的同源性； 阴性对照需要确定和目的靶细胞中其它基因同源性很低。2 荧光标记阴性对照RNAi negative control与哺乳动物基因无同源性； 通过标记荧光，可以方便地在荧光显微镜下观察转染情况； 可用 ...
miRNA微RNA（microRNAs，miRNA）是长度在21-23个核苷酸之间的单链RNA片段，调节基因的表达。miRNA由基因编码，从DNA转录而来，但不翻译成蛋白。初级转录产物（primary tranｓｃｒｉｐｔs，pri-miRNA）缩短其颈环结构得到功能性的miRNA。成熟的miRNA分子与一个或更多个mRNA分子部分互补，其主要功能是下调基因的表达。dsRNA双链RNA（doub ...
siRNA Small interfering RNA是一种小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中对双链RNA具有特异性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成员，激发与之互补的目标mRNA的沉默。 越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短 ...
摘自丁香园上海孤儿的帖子，用蛋白酶K替代DEPC。蛋白酶 K 的妙用，我曾经在别的论坛发表。坦率地说，蛋白酶 K 的这个用途，是我的得意之作之最。不是因为该发现有什么创新，而是因为它的实用性。当别人还在讨论 DEPC 有什么毒性，讨论那一家公司的 DEPC 好时，我早就在使用蛋白酶 K 替代 DEPC 实现灭活 RNase A 的目的了。看这篇东西，我不知道大家的最大担心是什么；最早我的最大担心是 ...
越来越多的研究人员开始采用小分子干扰RNA（small interfering RNAs，siRNAs)来抑制特定的哺乳动物基因表达。siRNA是一种短片断双链RNA分子， 能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA，这个过程就是RNA干扰途径（RNA interference pathway）。RNAi的应用包括功能基因组学，药物靶筛选，细胞信号传导通路分析等等。 目前为止较为 ...
从石蜡包埋肺癌组织提取RNA检测PML 基因转录的研究赵志龙 宗志红 李建新 刘宏旭 赵惠儒【摘要】 背景与目的 甲醛固定石蜡包埋组织（FPE）包含大量临床病理信息，同时还含有大量的基因和蛋白物质可用来研究临床意义。本研究的目的是探讨从FPE中提取RNA的可能性，检测急性早幼粒细胞白血病基因（PML）在肺癌FPE中的转录表达。方法 选取前期经免疫组织化学染色证实无PML蛋白表达的40例肺癌FPE， ...
大多植物病毒RNA为单链RNA，并且其极性与mRNA极性相同，植物病毒RNA提取较为简单，一般使用酚氯仿即可获得满意结果。 一、材料 提纯TMV病毒液（10mg/ml）。 二、设备 冷冻台式离心机，低温真空干燥仪，电泳仪，电泳槽。 三、试剂 TE-饱和酚:氯仿（1:1），氯仿，3M NaAc(pH5.2)，乙醇(100%和70%)，TE缓冲液，无RNA酶的双菌水。 四、操作步骤 1、取一eppen ...
实验目的 1.学习从兔肝中提取RNA的方法。 2.通过地衣酚显色法测定RNA的含量。 实验原理 细胞内大部份RNA均与蛋白质结合在一起，并且多以核蛋白的形式存在。因此，分离制备RNA时，首先遇到的是必须使RNA与蛋白解离，并除去蛋白质。由于RNA的种类来源和存在形式不同，所用的制备方法各异，一般常用的方法有，盐酸胍法，去污剂法和苯酚法。其中，以苯酚法使用较为广泛。产品纯度高，适合小规模生产。 动物 ...
试剂和器皿所有试剂都用DEPC水配置，所有器皿都在180℃烘8hr或者在双氧水中泡半小时以上`所有的离心管和PIPET都用新的。DEPC水。RNA Extraction Buffer: 0.2MTris-Cl （Ph 8.0），0.4M LiCl，25mM EDTA， 1% SDS。 3MNaAc pH5.2。2M LiCl。RNase free的水饱和酚。氯仿。无水乙醇。70%乙醇。DN ...
1.1 匀浆1) 每个无菌的2 ml圆底离心管中加入1ml TRIZOL试剂，每个大鼠的腺垂体从-80°C取出后立即于预冷的TRIZOL试剂里用POLYTRON组织匀浆器（瑞士）进行匀浆。【注：1. 匀浆液的量按每50-100 mg组织加1 ml TRIZOL，样品的体积不能超过匀浆液体积的10%。 2. TRIZOL试剂用前应于4°C保存，操作时应带手套和口罩。3. 匀浆器头用前需在3% H2O ...
很好的一篇关于RNA抽提的综述文章。对大部分实验人员来说，RNA 抽提比基因组DNA 抽提要困难得多。事实上，现有的RNA 抽提方法/试剂，如果用于从培养细胞中抽提 RNA，比抽提基因组 DNA 更方便，成功率也更高。那为什么同样的方法用于组织RNA 的抽提，总会碰到问题呢？组织RNA 抽提失败的两大现象是： RNA 降解和组织内杂质的残留。关于降解问题，首先看一下为什么从培养细胞中抽提RNA ...
一、实验原理RNA是基因表达的中间产物，存在于细胞质与核中。对RNA进行操作在分子生物学中占有重要地位。获得高纯度和完整的RNA 是很多分子生物学实验所必需的，如Northern杂交、cDNA合成及体外翻译等实验的成败，在很大程度上取决于RNA的质量。由于细胞内的大部分RNA是以核蛋白复合体的形式存在，所以在提取RNA时要利用高浓度的蛋白质变性剂，迅速破坏细胞结构，使核蛋白与RNA分离，释放出RN ...
摘要棉花组织富含多糖、棉酚等次生代谢物质 较难提取高质量的RNA。本研究在前人方法的基础上对快速提取棉花组织总RNA 的方法进行了探讨。利用改进的CTAB 异硫氰酸胍裂解缓冲液 获得的RNA完整性好 无DNA 污染 含量高 每克鲜组织能提取015mg 总RNA OD260/ OD280比值均在117～210之间。该方法不但适用于叶片提取总RNA 而且在根、花冠、种子、发育的纤维中均能提取出高质 ...
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