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        siRNA Oligo 设计原则

        互联网

        2995

        在所选基因的启动子后 50-100个碱基自5’-端开始
        寻找基因序列中的23个碱基,最好是5‘- AA(N19)TT -3’ (N是任何碱基)
        如果找不到四个以上AA(N19)TT,则用 AA(N21)补足。
        如果找不到四个以上AA(N21),则用 NA(N21)补足。
        所选定序列中,G和C的数目的总和在总数(23)的35-55%.
        满足以上1-5项要求的片段数目如果不足四个,将G和C的数目的总和放宽至总数 (23)的30-70%.
        选好上述序列后,以此确定所需合成双链RNA oligo 的序列如下:
        正义序列(N19)TT 与上述选定的23 个碱基序列中的第3-23个碱基相同
        反义序列的3’----5’ 的序列与目标序列中的第1-21个碱基互补,即A变成T,C变成G, T变成 A, G变成C。
        将反义序列3’----5’ 改写成 5’----3’.
        将最后所得序列中除3’- 末端的两个碱基之外的所有碱基中的T都用U来替代。最后每三个组成一个字节,中间断开。
        将所选定的正义序列和反义序列与gene bank 中已知同物种的基因序列进行比较,确定其唯一性   (BLAST)
        上述 7-10 项可见如下例子:
        假如通过1-5 项的条件选出的一段23 个碱基的序列是
        5’- AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
                正义序列就应该是: 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
                反义序列就应该是:    3’- TTCGATCAGTACCGGTAACTG -5’
          反转处理后即得:

               正义序列: 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
               反义序列: 5’- GTCAATGGCCATGACTAGCTT -3’
        U替代T以后得到:
             正义序列: 5’- GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT - 3’
             反义序列: 5’- GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT -3’
        段开字节后最后得到:
             正义序列: 5’- GCU AGU CAU GGC CAU UGA CTT - 3’
             反义序列: 5’- GUC AAU GGC CAU GAC UAG CTT -3’

        (责任编辑:大汉昆仑王)
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