siRNA Oligo 设计原则

在所选基因的启动子后 50-100个碱基自5’-端开始
寻找基因序列中的23个碱基，最好是5‘- AA（N19）TT -3’ （N是任何碱基）
如果找不到四个以上AA（N19）TT，则用 AA（N21）补足。
如果找不到四个以上AA（N21），则用 NA（N21）补足。
所选定序列中，G和C的数目的总和在总数（23）的35-55%.
满足以上1-5项要求的片段数目如果不足四个，将G和C的数目的总和放宽至总数 （23）的30-70%.
选好上述序列后，以此确定所需合成双链RNA oligo 的序列如下：
正义序列（N19）TT 与上述选定的23 个碱基序列中的第3-23个碱基相同
反义序列的3’----5’ 的序列与目标序列中的第1-21个碱基互补，即A变成T，C变成G， T变成 A， G变成C。
将反义序列3’----5’ 改写成 5’----3’.
将最后所得序列中除3’- 末端的两个碱基之外的所有碱基中的T都用U来替代。最后每三个组成一个字节，中间断开。
将所选定的正义序列和反义序列与gene bank 中已知同物种的基因序列进行比较，确定其唯一性   （BLAST）
上述 7-10 项可见如下例子：
假如通过1-5 项的条件选出的一段23 个碱基的序列是
5’- AAGCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
        正义序列就应该是： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
        反义序列就应该是:    3’- TTCGATCAGTACCGGTAACTG -5’
  反转处理后即得：

       正义序列： 5’- GCTAGTCATGGCCATTGACTT - 3’
       反义序列： 5’- GTCAATGGCCATGACTAGCTT -3’
U替代T以后得到：
     正义序列： 5’- GCUAGUCAUGGCCAUUGACTT - 3’
     反义序列： 5’- GUCAAUGGCCAUGACUAGCTT -3’
段开字节后最后得到：
     正义序列： 5’- GCU AGU CAU GGC CAU UGA CTT - 3’
     反义序列： 5’- GUC AAU GGC CAU GAC UAG CTT -3’

(责任编辑：大汉昆仑王)