蛋白质实验

利用 DNA 混编模仿自然进化过程是优化 DNA 和蛋白质性质的常用方法。这里我们介绍这类方法的一个新进展，即利用标准的聚合酶链反应（PCR)放大基因文库时与其他 4 种标准 dNTP—起掺入 dUTP 作为确定 DNA 碎裂位点的交换核苷酸。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

在设计蛋白质库进行筛选时，在能够进行筛选的物理极限内我们必须尽一切可能产生出蛋白质变体的多样性。本章的目标是将概率的语言引入蛋白质工程实验中，进而来回答一些常见的问题。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

位点特异核酸内切酶涉及核酸生物化学的许多方面。限制酶及相关酶已成为作用于 DNA 的酶的典范。通过理性蛋白设计，投入了无数的精力试图改变其特异性。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

我们发展了用人纤连蛋白的第 10 个纤连蛋白类型Ⅲ结构域（FNfnlO)作为框架以显示用于与其他分子结合的多重表面链套的用法。我们把具有新的结合功能的 FNfnlO 变体称为“独体（孤体、单小体)”。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

在 DNA 结合模体中，（Cys)2(His)2 类型的锌指模体具有大的操控潜力。为新的 DNA 结合蛋白设计，锌指模体提供了有吸引力的框架。特别是为产生新的、具有全新的 DNA 结合特性的，如长 DNA 链识别、DNA 弯折和 AT 富集序列识别——人造锌指蛋白。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

钙调素（CaM) 是普遍分布的蛋白质，参与钙介入的信号转导。当 Ca2+ 流入时，CaM 获得强亲和力，结合各种带有一个或多个CaM 识别序列的胞内蛋白，启动或终止 Ca2+ 调控的信号串联。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

虽然表观上简单，盘绕螺旋（coiled coil ) 模体是高度专一的，并在理解三级结构及其形成方面具有重要意义。最常观察到的盘绕螺旋形态——平行二聚态，其一般的结构类型仍有待全面的描述。尽管如此，其结构已呈现出在某些特定位置需要某些特定类型氨基酸的严格规则。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

氨基酸类似物的掺入越来越有用。非天然氨基酸的定点掺入，使得运用化学生物学对特定蛋白质的研究和应用成为可能。但是，非天然氨基酸的整体掺入也检验着蛋白质组和基因编码假定。例如，有机体对非天然氨基酸的适应可能会导致新的基因编码。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

计算方法一直在蛋白质设计中发挥重要作用。本工作主要集中在搜索蛋白质序列空间，以找到一条或数条与已知结构和功能相容的蛋白质序列。在期望的功能和结构限制下，概率性计算方法为所容许的氨基酸变化范围提供信息。本实验来源「现代蛋白质工程实验指南」〔德〕K.M.阿恩特、K.M.米勒编著。

等电聚焦（Isoelectric focusing，简称 IEF）是六十年代中期出现的新技术。近年来等电聚焦技术有了新的进展，已迅速发展成为一门成熟的近代生化实验技术。目前等电聚焦技术已可以分辨等电点（pI）只差 0.001pH 单位的生物分子。由于其分辨力高，重复性好，样品容量大，操作简便迅速，在生物化学、分子生物学及临床医学研究中得到广泛的应用。

本实验介绍SDS-PAGE 蛋白质样品的制备。

病毒感染细胞实验可以用于：（1）将目的基因整合到大多数真核细胞。（2）将目的基因包装成病毒来感染细胞，从而得到表达满足实验需求。

分子生物学中最重要的环节之一是对微量蛋白质进行分析，使对编码待研究蛋白的 cDNA 序列的克隆成为可能。为有效地做到这一点，通常需要知道蛋白质的内序列。在这一方面，肽段的有效分离是极重要的。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

在进行蛋白质（phosphorylated protein) 的结构与功能分析时，接蛋白质水解后即能将磷酸肽与未修饰的（未磷酸化的）肽分开是很有助益的。可利用的最有效的方法之一是使用载有铁 (正铁离子）的金属螯合填料。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

用过甲酸氧化蛋白质是使蛋白质部分变性和稳定含硫氨基酸的一种简易而有效的方法。过甲酸氧化能定量地将半胱氨酸残基转化为胱氨酸，将甲硫氨酸残基转化为甲硫氨酸砜。这些残基对酸水解是稳定的。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

TCA 沉淀的另一有用的替代方法是使用酸化的丙酮-甲醇混合液。酸化有助于通过将去垢剂溶于有机相而蛋白质产生沉淀以去除样品中的 SDS。丙酮和甲醇都能以任何比例溶解于水中，因此不会发生相分离。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

三氯乙酸沉淀实验主要用于（1）蛋白质的沉淀纯化；（2）试样化合物的提取。

本实验介绍凝胶染色银染的过程。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

本实验介绍关于胰岛素受体糖基化的分析。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。

本实验中，我们将考察胰岛素受体的胰岛素刺激酪氨酸激酶活性。用抗磷酸酪氨酸抗体（antiphosphotyrosine antiboty) 来检测磷酸化的受体，后者可用 SDS-PAGE 来分离。本实验来源于蛋白质纯化与鉴定实验指南，作者：朱厚础。