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上海达为科生物科技有限公司
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miRNA测序实验
上海miRNA测序实验
miRNA 测序是研究特定组织在特定状态下的已知miRNA，分析预测新的miRNA，并对已知 miRNA 和新miRNA进行靶基因预测。通过对miRNA靶基因注释及代谢通路分析，将鉴定出的 miRNA与相应表型差异关联起来，为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力的工具。
上海miRNA测序实验生物信息分析内容
1、数据产出统计和质量评估
2、sRNA在参考基因组上的分布
3、sRNA分类注释统计
4、碱基偏好性分析
5、基因表达水平分析
6、新转录本预测
7、差异miRNA靶基因预测
8、差异基因筛选及聚类分析
9、差异表达miRNA靶基因GO富集分析
10、差异表达miRNA靶基因Pathway富集分析
11、差异表达miRNA靶基因蛋白互作网络分析
技术参数
样本类型：total RNA
样本要求：总量≥3 μg，浓度≥200 ng/μL
文库类型：Small RNA文库
测序策略：HiSeq SE50，推荐数据量：≥10M reads
项目周期：35个工作日
结果示例
样本已知miRNA各位置碱基偏好性
新miRNA二级结构及reads mapping示意图
各个样本之间共有novel miRNA分布
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文献和实验课程内容： 1.circRNA 与蛋白互作实例解析 2.常用实验技术方法及应用 3.标签法 circRNA pulldown 技术详解
miRNA Northern Blot实验步骤 1975年，英国科学家埃德温·迈勒·萨瑟恩（Edwin Mellor Southern）创建了Southern Blot技术用于检测DNA。基于同样的原理，1977年由斯坦福大学的James Alwine、David Kemp和George Stark开发出了用于检测RNA的Northern Blot技术，至今仍然是一种经典的RNA检测技术。 miRNA在不同组织中丰度变化大，例如，miR-133在骨骼肌中表达很高，在心肌中
蛋白质翻译抑制，进而抑制蛋白质合成，阻断mRNA的翻译。也有miRNA可以与目标靶基因完全互补，从而抑制基因的表达，提示miRNA可能包含和 siRNA类似的作用方式。 随着miRNA研究的不断深入，各种研究方法层出不穷，包括miRNA芯片、Real time-PCR、Northern Blot、RNA酶保护实验等等。而在这些方法中最经典方法的当属miRNA Northern Blot，miRNA Northern Blot具有结果直观、可靠等方面的优势，因此许多SCI杂志要求miRNA方面
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