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上海miRNA测序实验
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上海达为科生物科技有限公司
miRNA测序实验
miRNA 测序是研究特定组织在特定状态下的已知miRNA,分析预测新的miRNA,并对已知 miRNA 和新miRNA进行靶基因预测。通过对miRNA靶基因注释及代谢通路分析,将鉴定出的 miRNA与相应表型差异关联起来,为研究miRNA对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力的工具。
上海miRNA测序实验生物信息分析内容
1、数据产出统计和质量评估
2、sRNA在参考基因组上的分布
3、sRNA分类注释统计
4、碱基偏好性分析
5、基因表达水平分析
6、新转录本预测
7、差异miRNA靶基因预测
8、差异基因筛选及聚类分析
9、差异表达miRNA靶基因GO富集分析
10、差异表达miRNA靶基因Pathway富集分析
11、差异表达miRNA靶基因蛋白互作网络分析
技术参数
样本类型:total RNA
样本要求:总量≥3 μg,浓度≥200 ng/μL
文库类型:Small RNA文库
测序策略:HiSeq SE50,推荐数据量:≥10M reads
项目周期:35个工作日
结果示例
样本已知miRNA各位置碱基偏好性
新miRNA二级结构及reads mapping示意图
各个样本之间共有novel miRNA分布
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