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Polysome-Seq
1.项目简介
检测mRNA翻译效率对研究真核生物基因的表达调控具有重要意义，mRNA上结合的核糖体的数量体现该基因的翻译效率。Polysome profling利用核糖体沉降系数较大的特性，用蔗糖密度梯度离心的方法分离多聚核糖体。一条mRNA上结合的核糖体数量越多，在梯度离心时的沉降速率就会越快，因此结合不同数量核糖体的mRNA通过超速离心而分离，结合新一代高通量测序技术，对分离的mRNA测定其序列，通过生物信息学分析，揭示真核生物在发育，病变，凋亡，肿瘤发生等生命活动中的基因表达水平。
2.技术路线
样品处理→Polysome-mRNA富集与纯化→文库构建→SE75/PE150测序→生信分析
3.实验周期
~30个工作日
4.信息分析
1）鉴定全基因组范围内编码基因与非编码基因
2）分析全基因组范围内转录本翻译效率情况，鉴定不同翻译效率的基因
3）新的非编码RNA翻译功能的鉴定，分子功能鉴定
5.送样要求
样品培养到合适时间点时，需要在培养基中添加菌酮(CHX, 终浓度为100μg /mL)处理，液氮速冻后保存于-80度。（根据具体实验和样品类型调整，详情请咨询）
6.参考文献
a.Konig J, Zarnack K, Rot G, Curk T, Kayikci M, Zupan B, Turner DJ, Luscombe NM, Kren BT, Wong PY, Shiota A, Zhang X, Zeng Y, Steer CJ. 2009. Polysome trafficking of transcripts and microRNAs in regenerating liver after partial hepatectomy. Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol 297: G1181-1192.
b.Kudla M, Karginov FV. 2016. Measuring mRNA Translation by Polysome Profiling. Methods Mol Biol 1421: 127-135.
c.Li YF, Mahalingam R, Sunkar R. 2017. Isolation of Polysomal RNA for Analyzing Stress-Responsive Genes Regulated at the Translational Level in Plants. Methods Mol Biol 1631: 151-161.
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文献和实验-throughput sequencing (ChIP-seq) has soon became a popular method-of-choice for profiling chromatin modifications and transcription factor-binding sites in eukaryote genomes. ChIP-seq has the advantage over the earlier ChIP-chip approach in multiple aspects
DISCOVER-Seq——Science 检测CRISPR脱靶效应的新方法
因子的位置，我们就可以确定被 CRISPR 切割的位置。」为了验证他们的想法，研究人员研究了一组不同的 DNA 修复因子。他们发现其中一个叫 MRE11 的是对切口的第一反应者。根据 MRE11，科学家们开发了一种新技术，名为 DISCOVER-Seq，可以识别出 CRISPR 在基因组中切割的的确切位置。Gladstone 的高级研究员兼 IGI 的副主任 Conklin 博士解释说：「人类的基因组非常庞大，如果你打印出全部 DNA 序列，你最终会得到一部 16 层楼高的小说。当我们想用 CRISPR
等将 ChIP 与高通量测序技术结合，发明了 ChIP-seq ，能够在全基因组范围内检测与蛋白相互作用的 DNA 区域。 2017 年 Henikoff 等发布 CUT&RUN 技术，使用微球菌核酸酶（micrococcal nuclease, MNase）进行染色质切割替代 ChIP-seq中的超声打断，使得蛋白-DNA 互作研究从 ChIP-seq 所需的 104 级别降到 100-1000 个细胞。 2019 年 Thomas G Fazzio 教授等发布 uliCUT&RUN
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