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Ribo-Seq检测

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  • 2026年01月06日
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    一、项目简介
    Ribosome Profling作为Polysome profling的衍生技术，能捕获被核糖体结合的mRNA序列信息，该技术适用于研究蛋白表达的机制和效率，通过测定与核糖体结合的mRNA的丰度，对蛋白翻译的多个层面进行研究，包括特定基因的翻译效率，短ORF的翻译调控，核糖体翻译停顿等。Ribosome Profling基于核糖体结合mRNA后，核糖体对与之结合的30nt mRNA序列具有保护作用，经过一系列提取纯化后，分离得到与核糖体结合的mRNA序列，结合新一代高通量测序，和生物信息学分析，能获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况，了解蛋白质表达水平及其丰度，还能直接对翻译过程进行研究。
    与常规的RNC-Seq相比，Ribo-seq研究的是被核糖体保护的正在进行翻译的mRNA片段，而RNC-Seq则是对与核糖体形成复合物的mRNA全长序列进行测序研究。因此，Ribo-seq能准确预测蛋白翻译的丰度，而RNC-Seq则不能。


    二、技术路线
    产品细节图片2

     


    三、实验周期
    45个工作日


    四、信息分析
    1）发现和鉴定新蛋白的编码区和新的阅读框；
    2）蛋白质差异表达分析；
    3）非编码RNA（miRNA、LncRNA、cirRNA）作用机制研究
    4）根据测序信息识别转录本来源，区分同源基因；
    5）确定正在翻译的基因，并确定翻译起始效率；
    6）通过翻译机制的研究，确定新的分子功能


    五、送样要求
    样品培养到合适时间点时，需要在培养基中添加(CHX, 终浓度为100μg /mL)处理，液氮速冻后保存于-80度。（根据具体实验和样品类型调整，详情请咨询）

    六、参考文献
    a. Dalley BK, Baird L, Howard MT. 2018. Studying Selenoprotein mRNA Translation Using RNA-Seq and Ribosome Profiling. Methods Mol Biol 1661: 103-123.
    b. Ingolia NT. 2016. Ribosome Footprint Profiling of Translation throughout the Genome. Cell 165: 22-33.
    c. Jiang Z, Yang J, Dai A, Wang Y, Li W, Xie Z. 2017. Ribosome profiling reveals translational regulation of mammalian cells in response to hypoxic stress. BMC Genomics 18: 638.

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