APA-Seq

一、项目简介
DNA在转录过程中，受各种因素调控，而形成多种mRNA异构体，其中由于不同多聚腺苷酸位点（polyA site）导致的mRNA具有不同长度的3’UTR的现象，叫做选择性多聚腺苷酸化（Alternative Polyadenylation, APA）。APA会造成3’UTR上的众多顺式调控元件，如miRNA（90%）结合位点，RBP结合位点以及m6A修饰位点的获得或缺失，进而影响mRNA的稳定性和翻译效率，及蛋白定位功能。APA广泛参与机体发育及疾病发生等多种生理活动，调控细胞免疫应答，胚胎发育，神经活动，及肿瘤发生。


二、技术流程




三、技术优势
    起始量低：本公司通过技术优化，低起始量可以做到500ng total RNA进行建库，其它同类方法需要10ug以上。
    实验周期短：25个工作日完成建库及测序分析。
    严格的质量控制：重复性好、数据稳定。
    专业数据分析：专业的统计和生信分析，出版级的图表展示，完整全面的分析报告。


四、特色信息分析
     a)全基因组范围内APA位点信息注释；
     b)显著性差异变化APA位点鉴定与功能分析；
     c)APA调控因子的鉴定与分析；
     d)差异表达变化基因鉴定与APA变化基因功能相关性联合分析；
     e)长链非编码RNA（LncRNA）预测（有参考基因组的模式生物）；
     f)差异表达基因的聚类和热图分析（基因集可定制）；
     g)基因表达的主成分分析（寻找主效基因的统计方法）；
     h)基因差异表达的的趋势分析及显著趋势的基因模块的GO，KEGG富集分析（需多个样品）；
     i)基因互作网络分析（构建基因网络，寻找节点基因）；
     j)贯穿分析（需同一样品的不同水平数据，如跟sRNA测序结果关联）；
     k)根据客户需求可进行个性化分析，协商确定分析内容。


五、送样要求(建议送样量)
    1)样品需求：动物样品，总量≥10μg，浓度≥ 150 ng/μl；植物、真菌样品，总量≥20μg，浓度≥ 250 ng/μl。注：目前服务包含的物种有人，老鼠，斑马鱼。其它物种请联系技术评估。
    2)样品纯度：动物样品， RIN ≥7,28S/18S≥1.0；植物、真菌样品，RIN ≥6.5, OD260/280≥1.8，28S/18S≥1.0
    3)样品请置于1.5 ml 管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用Parafilm 封口。在运输前将所有样品管固定于50 ml 带盖离心管，干冰运输。注：RNA 可以提取也可以冻存TRIZOL 中运输，建议冻存TRIZOL 中运输。


六、参考文献
1. 干细胞分化：
Lackford B, Yao C, Charles GM, Weng L, Zheng X, Choi EA, et al. Fip1 regulates mRNA alternative polyadenylation to promote stem cell self-renewal. EMBO J 2014;33:878–89.
Sommerkamp, P., et al., Differential Alternative Polyadenylation Landscapes Mediate Hematopoietic Stem Cell Activation and Regulate Glutamine Metabolism. Cell Stem Cell, 2020.
2. 癌症：
Masamha CP, Xia Z, Yang J, Albrecht TR, Li M, Shyu AB, et al. CFIm25 links alternative polyadenylation to glioblastoma tumour suppression. Nature 2014;510:412–6.
Yang, S.W., et al., A Cancer-Specific Ubiquitin Ligase Drives mRNA Alternative Polyadenylation by Ubiquitinating the mRNA 3' End Processing Complex. Mol Cell, 2020. 77(6): p. 1206-1221 e7.
3. 免疫反应：
Gruber, A.R., et al., Global 3' UTR shortening has a limited effect on protein abundance in proliferating T cells. Nat Commun, 2014. 5: p. 5465.
Jia, X. et al. The role of alternative polyadenylation in the antiviral innate immune response. Nature communications 8, 14605, doi:10.1038/ncomms14605 (2017).
Chang, J.W., et al., mRNA 3'-UTR shortening is a molecular signature of mTORC1 activation. Nat Commun, 2015. 6: p. 7218.
4. 神经活动:
Oktaba K, Zhang W, Lotz TS, Jun DJ, Lemke SB, Ng SP, et al. ELAV links paused Pol II to alternative polyadenylation in the Drosophila nervous system. Mol Cell 2015;57:341–8.
Vallejos Baier, R., J. Picao-Osorio, and C.R. Alonso, Molecular Regulation of Alternative Polyadenylation (APA) within the Drosophila Nervous System. J Mol Biol, 2017. 429(21): p.3290-3300.
5. 胚胎发育
Progressive lengthening of 3' untranslated regions of mRNAs by alternative polyadenylation during mouse embryonic development. Proc Natl Acad Sci U S A, 2009. 106(17): p. 7028-33.
1. Sommerkamp, P., et al., Differential Alternative Polyadenylation Landscapes Mediate Hematopoietic Stem Cell Activation and Regulate Glutamine Metabolism. Cell Stem Cell, 2020.
2. Vallejos Baier, R., J. Picao-Osorio, and C.R. Alonso, Molecular Regulation of Alternative Polyadenylation (APA) within the Drosophila Nervous System. J Mol Biol, 2017. 429(21): p.3290-3300.
3. Zhou, X., et al., Alternative polyadenylation coordinates embryonic development, sexual dimorphism and longitudinal growth in Xenopus tropicalis. Cell Mol Life Sci, 2019. 76(11): p.2185-2198.