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蛋白互作网络（PPI）
蛋白互作网络（PPI）
1 分析目的通过mRNA间的协同表达模式，分析mRNA间的相互作用，寻找核心的mRNA
2 数据来源
显著差异表达mRNA表达谱
3 分析方法
对上述差异mRNA，我们使用STRING数据库[9]构建相互作用网络，并根据基因的连接度确定其中的关键基因
4 交付文件
（1）PPI网络信息（Excel）
（2）PPI网络图
5分析结果示例图
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文献和实验，他们将所得的差异的甲基化基因与HPRD以及BIOGRID数据库进行比对分析，构建了蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction , PPI)网络。据报道，在网络中处于中心地位的基因较周围的基因具有更关键的细胞学功能。从PCOS-NIR和PCOS-IR病人的PPI网络图中，可以发现甲基化基因CEBPB, GOT1, GET4, ODC1 以及C12orf44形成了一个局部的网络结构（Figure 3A）。在PCOS病人与正常人的PPI网络图中，甲基化基因GSK3A, HMGA
三篇顶刊论文，同一个技术选择——BiFC如何破解植物蛋白互作难题？
蛋白质是生命活动的执行者，而蛋白质之间的相互作用（Protein-Protein Interaction, PPI）构成了细胞内复杂的「社交网络」。 几乎所有的生物学过程，从信号传导到代谢调控，都依赖于这些精密的蛋白质互作网络。正如Ren等人（2024）在综述中所指出的，蛋白质互作网络的紊乱与多种疾病和生理异常密切相关。 在植物科学领域，随着拟南芥、水稻等模式植物全基因组测序的完成，解析蛋白质之间的相互作用已成为后基因组时代的重要课题。研究植物激素信号通路（如乙--烯、生长素、赤霉素、脱落
验证的联合工作流程（文献5） 构效关系研究加速：SPR能够快速评估结构类似的化合物库，建立结构与动力学参数之间的联系。例如，smFASTIA平台整合了无细胞蛋白合成与生物层干涉测量技术，可以无需纯化蛋白即可快速筛选蛋白-小分子相互作用的动力学特征，其筛选结果与后续的SPR验证高度一致，能够有效区分基于结合速率的化合物变体。这为加速结构-动力学关系研究提供了强大工具。 二、蛋白-蛋白互作：解析生命活动调控网络 蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）是生命活动的基础，对于理解细胞
