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研载生物科技
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lncRNA-mRNA共表达
lncRNA-mRNA共表达
1 分析目的
分析lncRNA与mRNA间的协同表达模式，寻找lncRNA潜在调控的编码基因，预测关键lncRNA的潜在调控功能
2 数据来源
基因表达谱数据（包含mRNA以及lncRNA）
3 分析方法
对于差异表达的LncRNA和miRNA，我们分别计算了两两之间的Pearson相关系数，并进行相关性检验，使用R包psych[7]的corr.test方法实现（参数ci=F,adjust="BH"），并使用BH方法做多重检验校正。筛选相关系数r>= 0.7且adj.p.value < 0.05的基因对，使用Cytoscape[8]（version 3.7.0）构建共表达网络。
4 交付文件
（1）共表达网络（包括具体统计显著性；Excel）
（2）共表达网络图
5分析结果示例图
【欢迎来电/邮件咨询】
联系人：刘经理
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文献和实验。 特点 1. 长度在200-100,000nt 2. 没有编码蛋白质潜能 3. 具有细胞或组织类型特异性 4. 表达量和保守性比mRNA低 5. 部分lncRNA不含有polyA尾巴 6. 部分也会翻译小肽段 • LncRNA功能及作用形式 功能 1. 结合转录因子，干扰其靶基因，从而调控转录 2. 作为分子海绵，吸附miRNA 3. 与调节蛋白结合，影响蛋白多聚物的形成 4. 招募染色质修饰因子，改变染色
个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。 案例(三)lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA 第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1)，并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR
分析和与基因 FGFR1 的共表达分析展示 10 条最显著 lncRNA 的结果，四张图就是 4 个 fig：再往下是 lncRNA 表达在不同病理参数分组下的表达差异：还有通过 WGCNA 筛选基于 lncRNA-mRNA 共表达网络建立的 CNC（Coding-Non-Coding）Network：接下来是这 10 条 lncRNA 在 TCGA 中的基因组变异、表达以及与预后的关系，用的工具还是 cBioportal。B 图是不是跟文章 1 里面的很像？因为都是 cBioportal 做
