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microRNA-mRNA芯片整合分析
1.分析流程图
2. 分析方法概要
①利用统计检验筛选差异表达microRNA
②利用GSEA统计检验筛选差异功能集（gene set），利用STRINGS蛋白质功能相关网络针对每个差异功能集内建立基因之间的相互关系，从而建立差异功能模块（module）
GSEA的工作原理如图：
④利用microRNA-Gene之间靶标关系和表达量的显著负相关关系构建Module特异的microRNA调控网络和microRNA与基因的调控网络
3.分析结果
①筛选差异基因功能集的结果如下：| 基因功能集名称 | 基因个数 | FDR显著性 |
| KEGG_AMINOACYL_TRNA_BIOSYNTHESIS | 10 | <=0.001 |
| KEGG_PROSTATE_CANCER | 9 | <=0.001 |
| KEGG_ASTHMA | 5 | <=0.001 |
| CELL_ACTIVATION | 6 | <=0.001 |
| microRNA | 基因简称 |
| miR-665 | Gon4l |
| miR-665 | Lsg1 |
| miR-665 | Mast2 |
| miR-665 | Shisa4 |
| miR-665 | Tmed3 |
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文献和实验，可作为多种疾病的早期诊断标记物，也能作为靶向药物的载体进行疾病治疗。 外泌体 microRNA 测序/芯片：通过对外泌体 microRNA 的高通量分析，可以找到不同外泌体之间差异表达的 microRNA，为后续的功能学实验做准备。 外泌体 mRNA 测序/芯片：通过对外泌体转录组测序或表达谱芯片分析，可以找出不同外泌体之间差异表达的 mRNA，从而发现外泌体中哪些基因发生了变化。 外泌体 lncRNA 芯片：通过 lncRNA 芯片可以同时得到 lncRNA 和 mRNA 数据，为研究者提供更
近两年microRNA的研究受到越来越多科学家的关注，大量的实验结果揭示了microRNA在胚胎发育、癌症等方面起到非常重要的调控作用，据推测microRNA可能调控至少30%的基因的表达情况。 如果您也想开展microRNA的研究，该如何下手了？首先你需要知道在你感兴趣的研究领域里到底有哪些miRNA是活跃分子，幸运的话通过阅读发表的文章就能锁定一些miRNA分子，否则需要做一个miRNA表达谱芯片分析来初筛出有研究价值的那些miRNA。表达谱芯片的原理简单的说就是把待测样品中的miRNA
表达谱芯片。如果需要，Geniom生物芯片探针能够很容易地根据研究人员的需要而定制。样本检测所需时间短，能够迅速提供可以直接用于发表的数据，因此在竞争激烈的的生物医药研究领域，具有不可替代的地位。什么是miRNA(microRNA)?miRNAs是一类内源性、约22个核苷酸长度的非编码RNA，具有稳定的特异性序列以调节基因表达。2001年，miRNAs作为线虫生长发育过程中的调节器而被发现，在病毒、植物和动物体中，miRNAs已被公认为主要的调控基因家族之一，通过mRNA靶向作用降解或抑制其翻译
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