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- 芯片差异microRNA靶基因分析
- 2025年12月31日
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上海英拜
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芯片差异microRNA靶基因分析
分析方案一
1．通过搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大数据库得到差异microRNA调控的所有靶基因。
2．通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行GO显著性功能分析，得到具有显著性、低误判率、靶向性的GO功能集以及对应的靶基因。
3．通过对上调或下调microRNA对应的靶基因进行KEGG Pathway显著性分析，得到具有显著性、低误判率、靶向性的KEGG Pathway以及对应的靶基因。
4．通过对靶基因的显著性GO功能集分析和显著性Pathway分析，将GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
5．根据第4步得到的靶基因构建差异microRNA与靶基因的调控网络，得到网络中起核心调控作用的microRNA和被microRNA调控的关键靶基因。
分析方案二
1．通过TargetScan, Mirbase, Miranda预测单个microRNA靶基因。
2．三个软件预测的前200个靶基因，两两之间取交集选取共同靶基因。
3．每个软件前50个靶基因与另外两个软件预测的所有靶基因相比，选取共同靶基因。
4．三个软件预测的前10个靶基因，如不在基因列表之内的，则加入列表中。
5．根据第4步得到的靶基因进行显著性GO功能集分析和显著性Pathway分析,将GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
6．所得靶基因根据三个软件总得分排序(各自得分做标准化相加)。
7．根据第5步得到的靶基因构建差异microRNA与靶基因的调控网络，得到网络中起核心调控作用的microRNA和被microRNA调控的关键靶基因。
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文献和实验近两年microRNA的研究受到越来越多科学家的关注，大量的实验结果揭示了microRNA在胚胎发育、癌症等方面起到非常重要的调控作用，据推测microRNA可能调控至少30%的基因的表达情况。 如果您也想开展microRNA的研究，该如何下手了？首先你需要知道在你感兴趣的研究领域里到底有哪些miRNA是活跃分子，幸运的话通过阅读发表的文章就能锁定一些miRNA分子，否则需要做一个miRNA表达谱芯片分析来初筛出有研究价值的那些miRNA。表达谱芯片的原理简单的说就是把待测样品中的miRNA
激光捕获显微切割技术与生物芯片的联合应用-提高检验组织样品的特异性
microRNA数据相关性分析。A：24例正常结肠组织上皮细胞；B：13例腺瘤组织上皮细胞；C：24例癌组织上皮细胞。D：同一肿瘤样品的3次技术重复。） 随后，研究人员开始研究同一肿瘤组织中肿瘤细胞与基质细胞之间的基因表达差异。用LCM技术分别分离3种组织（正常组织、腺瘤、癌）的上皮细胞和基质细胞，用Agilent microRNA芯片分别检测这3种组织不同细胞中的microRNA表达情况。 结果显示在同一肿瘤组织中，上皮细胞与基质细胞之间，仍有51个差异表达的microRNA
的深入研究奠定基础。 miRNA芯片 利用miRNA芯片(例如Agilent miRNA芯片)，可以高通量分析miRNA表达的时空特异性、不同样本(例如癌组织和癌旁组织)中miRNA的差异表达，进而进行把基因分析，功能注释、通路分析，网络分析等，以了解miRNA在疾病发生中的作用。与深度测序不同，miRNA芯片针对已知miRNA进行研究。筛选到的差异miRNA可以利用q-pCR进行验证。 q-PCR q-PCR技术可以用来检测miRNA以及其靶mRNA和相关mRNA等的检测
