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染色质开放性测序--ATAC-
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康测科技
染色质开放性测序--ATAC-seq
表观遗传学调控主要由3大类调控模式组成:组蛋白修饰、DNA修饰和染色质构象,而前两者也会通过调控染色质构象实现其调控基因表达的功能。
真核生物的染色体由染色质组成,染色质则是由核小体组成。核小体是一个组蛋白8聚体和缠绕在上面的DNA组成的。核小体与核小体之间通过一段linker DNA连接。这些核小体在染色体中处于不同的染色质构象中:
因此,染色质构象是基因表达调控的关键手段之一。技术原理ATAC-seq----染色质构象的研究手段
ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin sequencing)是目前染色质构象研究的主流工具。其原理是,通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座:
转座成功的DNA被加上测序用接头序列,通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析,染色质开放区域会产生测序reads,而染色质紧缩区域则无测序reads产生:染色质开放程度越高,其测序信号越强。
应用场景
染色质构象变化在几乎所有的生物学过程中都发生,因此ATAC-seq应用场景极其广泛,常见的应用如下:
发育过程中染色质构象变化及其介导的基因表达变化;
特定生物学变化(如癌变)前后染色质构象变化及其介导的基因表达变化;
特定对照-处理前后染色质构象变化及其介导的基因表达变化;
研究非编码RNA在染色质构象调控中的功能;
鉴定特定生物学过程中的主效调控的转录因子;
新型增强子的鉴定;
ATAC-seq作为研究三大表观调控因素之一的手段,通常与组蛋白修饰、DNA修饰以及基因表达一起联合使用。
技术要点一个好的ATAC-seq测序?服务流程样品交给我们,剩下的工作我们来完成!产品优势领先的技术优势
1)全物种覆盖:独创全物种细胞核活性分离技术,彻底解决植物、微生物以及复杂组织无法进行ATAC-seq研究的难题,做到全物种(真核)、全组织类型兼容[点击这里:植物ATAC-seq劲爆来袭!]。
2)冷冻组织兼容:独家CL-ATAC-seq技术,实验前固定核小体结构,维持ATAC-seq过程中染色质构象,从而使得冷冻组织ATAC-seq研究成为可能。
丰富的项目经验1)一站式服务:提供样品处理、ATAC建库、测序和分析的全套服务;2)项目经验丰富:已完成十多个物种、数十种组织类型的ATAC-seq服务。代表性结果展示
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