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Label free蛋白组学
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上海百趣生物医学科技有限公司
定量蛋白质组学是利用质谱平台检测样品中蛋白相对含量的分析化学技术,非标(Label free)蛋白质组定量技术是一种不依赖于同位素标记的蛋白质定量技术,该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析,分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,对被检测到的离子峰强度进行积分,以积分面积进行相对定量。
应用方向

生物疾病标志物研究
生物疾病发生发展过程分子机制研究
化学或生物药物作用靶点研究
化学或生物药物作用机理信号转导研究
提高肉类品质和饲养条件
农作物发育机制的研究
提高食品安全,改善口感和营养程度的研究
新型病毒抑制因子的挖掘研究
技术流程

技术参数
产品类型
Label Free蛋白组
仪器平台
Orbitrap 系列(Q Exactive HFX, Thermo/Orbitrap Exploris 240, Thermo 等)
搜库软件
Proteome Discoverer / MaxQuant
寄样要求
样本要求
| 动物组织标本 | 100 mg/sample |
| 血清、血浆 | 200 μL/sample |
| 细胞、微生物 | 1×107 cells/sample |
| 植物嫩叶、嫩芽 | 200mg/sample |
| 植物种子、果实 | 500mg/sample |
液氮或-80°C保存
足量干冰运输,避免反复冻融
技术优缺点
优点
1、无需标记,极大程度的保留样本的真实性
2、可以区分“有”“无”蛋白
3、不受标签数量的限制,多个样本可以同时进行蛋白定量分析
4、不同物种和不同的样本类型可以同时开展蛋白定量分析
5、处理步骤简单,成本低
缺点
1、低通量,每个样本需要单独检测,受到仪器波动的影响
2、定量准确度有限
3、对质谱的稳定性和重现性有很高的要求
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文献和实验定量蛋白质组学分析 定量蛋白质组学分析(Quantitative Proteomics)是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白,结合生物信息学揭示细胞生理病理等功能,同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。目前定量蛋白质组学技术常见标记(Label)和非标记的(Label Free)定量策略。 定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括:Label Free定量蛋白组分析、SILAC与免疫
非标记定量蛋白质组学 (Label Free)近年来成为重要的质谱定量方法,按照其原理进行分类,可以分为两类。Spectrum counts类的非标记定量方法,发展比较早,也形成了多种算法进行定量,但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础,计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分,目前Label Free主要的数据分析方法是利用Maxquant软件,根据一级质谱相关的肽段峰强度、峰面积、液相
小课堂又要开始啦 话说 label-free 这个蛋白质组学方法实在是有些尴尬。这个方法有可能是进入组学研究以来方法的鼻祖,现在却面临着不大受待见的境地。 不管是从 pubmed 上搜索关键词还是从项目结果中统计,使用 label-free 的项目数量远低于使用 label 的定量蛋白质组学研究,如现在仍很火热的 iTRAQ、有后起之秀态势的 TMT、或者有高实验要求的 SILAC。 今天我们不谈为什么 label-free 远没有 iTRAQ / TMT
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