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植物脂质组学分析
植物中本身独特的生理性质要求采用特定的脂质提取方案,以获得准确反映内源条件的生物学上有意义的脂质组(Lam SM et al., 2017)。此外,植物还含有与动物内源性不同类型的膜脂质(Cheong WF et al., 2014)。我们对各种植物种类有着丰富的分析经验,从常用的模式植物拟南芥到主要的粮食作物水稻,小麦和大豆等(Nakamura Y et al., 2009; Kanehara K et al., 2015; Li QT et al., 2017; Patkar RN et al., 2012; Tian H et al., 2016)。
参考文献
Cheong WF, Wenk MR, Shui G. Comprehensive analysis of lipid composition in crude palm oil using multiple lipidomic approaches. J Genet Genomics. 2014; 41(5): 293-304.
Nakamura Y, Koizumi R, Shui G, Shimojima M, Wenk MR, Ito T, et al. Arabidopsis lipins mediate eukaryotic pathway of lipid metabolism and cope critically with phosphate starvation. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009; 106(49): 20978-83.
Kanehara K, Yu CY, Cho Y, Cheong WF, Torta F, Shui G, et al. Arabidopsis AtPLC2 Is a Primary Phosphoinositide-Specific Phospholipase C in Phosphoinositide Metabolism and the Endoplasmic Reticulum Stress Response. PLoS Genet. 2015; 11(9): e1005511.
Li QT, Lu X, Song QX, Chen HW, Wei W, Tao JJ, et al. Selection for a Zinc-Finger Protein Contributes to Seed Oil Increase during Soybean Domestication. Plant physiology. 2017; 173(4): 2208-24.
Patkar RN, Xue YK, Shui G, Wenk MR, Naqvi NI. Abc3-mediated efflux of an endogenous digoxin-like steroidal glycoside by Magnaporthe oryzae is necessary for host invasion during blast disease. PLoS Pathog. 2012; 8(8): e1002888.
Tian H, Lam SM, Shui G. Metabolomics, a Powerful Tool for Agricultural Research. Int J Mol Sci. 2016; 17(11).
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文献和实验. Nature Communications, 12(1), 1-16. IDH1 突变会通过磷脂代谢紊乱引发细胞器功能异常。研究借助柱式法分离内质网与高尔基体,结合高分辨质谱开展磷脂组学分析,发现突变导致单不饱和脂肪酸(MUFA)及其磷脂在内质网异常积累,直接造成内质网、高尔基体病理性扩张。 核心启示:全细胞脂质总量分析,会完全掩盖细胞器特异性的脂质重排信号。 2. CD8+ T 细胞:磷酸肌醇饱和度决定免疫细胞命运 文献:Edwards-Hicks J. et al. (2023
机制。 研究路线 研究结论 图 1. 单细胞空间转录组技术和单细胞转录组测序结果图 利用 Xenium In Situ、TF-seqFISH 等单细胞空间转录组技术和单细胞转录组测序(scRNA-seq),研究者鉴定出 4 个主要的上皮细胞亚群(基底细胞、增殖细胞、分化细胞、侵袭细胞),其比例随疾病进展呈动态变化。ESCC 的演进过程是由增殖性上皮细胞亚群驱动,该亚群通过获得去分化及侵袭性特征推动肿瘤进展:正常阶段(NOR):基底细胞与增殖细胞定位于上皮-基质界面附近;癌前病变阶段
重大突破!甘波谊团队 Nature 首次报道第三种铁死亡抑制机制,提供抗癌新思路
证实了 DHODH 介导的线粒体铁死亡的防御机制,并提出了一种靶向诱导铁死亡的肿瘤治疗新策略。图片来源:Nature研究内容发现:DHODH 可抑制铁死亡的发生作者首先通过代谢组学分析发现,GPX4 抑制剂(RSL3 或 ML162)处理癌细胞可导致氨甲酰天冬氨酸(C-Asp,嘧啶生物合成的中间体)的降低,并伴有尿苷(uridine,嘧啶生物合成的最终产物)的累积。 图片来源:Nature 添加嘧啶生物合成中间体二氢乳清酸(DHO)对 GPX4 抑制剂造成的细胞死亡有保护作用,而乳清酸(OA
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