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cnkingbio
Coexpression Network是分析lncRNA与mRNA相互作用关系的创新工具。Coexpression Network根据lncRNA及mRNA的实测值，通过共表达计算方法构建网络。通过lncRNA周边与其共表达的mRNA来预测未知lncRNA的功能。Coexpression Network可以帮助发现lncRNA与mRNA之间可能存在的作用关系，能够找到影响mRNA表达的lncRNA，从而发现网络中起中心调控作用的lncRNA及发现lncRNA可能存在的新作用机制。由于共表达调控网络是基于芯片的实测表达值运算的结果，故而突破了传统分析中基因注释不齐全的限制，大大增加了研究的创新性。结果样式如下：
文章案例： lncRNA在癌症生物学中具有关键的调节作用。然而，lncRNAs对乙型肝炎病毒（HBV）相关性肝细胞癌（HCC）的作用还不清楚。通过基因芯片检测HBV相关的HCC和配对的瘤周组织之间差异表达的lncRNA，通过差异分析和共表达网络分析，定位出lncRNA-HEIH及其靶标，后期通过分析与临床指标的关系及一系列功能表型实验发现，lncRNA-HEIH是促进肿瘤进展的致癌lncRNA， 可以作为HCC发展进程中的关键调控因子。
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文献和实验Here, we describe the usage of Fastcompare, a simple and efficient comparative approach for finding short noncoding DNA (e.g., transcription factor binding sites) and mRNA (e.g., microRNA target sites) sequences that are globally conserved
组织中 mRNA，lncRNA 和 miRNA 的表达谱。 之后进行 GO 和 KEGG 途径分析失调的 mRNA 的主要功能。并进行 Kaplan-Meier 存活分析以确定差异表达的 lncRNA / mRNA / miRNA 对总体存活的影响。 随后，本研究构建了一个竞争性内源 RNA（ceRNA）网络，其中包括66 个失调的 lncRNAs，24 个 miRNA 和 55 个 mRNA 。并通过 qRT-PCR 分别在 30 对样品中在 ceRNA 网络中证实了四种失调的 lncRNA，三种异常
。 特点 1. 长度在200-100,000nt 2. 没有编码蛋白质潜能 3. 具有细胞或组织类型特异性 4. 表达量和保守性比mRNA低 5. 部分lncRNA不含有polyA尾巴 6. 部分也会翻译小肽段 • LncRNA功能及作用形式 功能 1. 结合转录因子，干扰其靶基因，从而调控转录 2. 作为分子海绵，吸附miRNA 3. 与调节蛋白结合，影响蛋白多聚物的形成 4. 招募染色质修饰因子，改变染色
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