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构建差异MicroRNA与靶基因构建调控网络，根据网络中MicroRNA的位置函数计算出MicroRNA在网络中的关系强度，即MicroRNA的网络特征值。特征值最高MicroRNA处于网络的枢纽性地位，该MicroRNA调控能力最强，对网络结构和样本性状有重要的调控价值，同时从网络中也可以得到被MicroRNA调控的关键靶基因。
参考文献：Yanyan Bao et al. MicroRNA-384-5p regulates ischemia-induced cardioprotection by targeting phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase, catalytic subunit delta (PI3K p110d). Apoptosis. 2013.
文章案例2： 血管紧张素II刺激成纤维细胞增殖并导致心脏重塑，但作用机制仍不清楚。研究采用miRNA芯片和表达谱芯片检测小鼠心脏中miRNA和mRNA的表达，整合miRNA与mRNA数据，在3d和7d分别构建MicroRNA Target Gene Network，发现let7i-5p在两个时间点中都出于核心地位，且对应的靶标基因多与炎症纤维化相关，与研究思路相符。后期通过功能实验和荧光素酶报告实验验证miRNA及靶标的功能及靶向结合关系。最后结果表明，let-7i作为血管紧张素II诱导的心脏炎症和纤维化的新型负调节剂，主要通过抑制心脏中白细胞介素-6和多种胶原蛋白的表达来发挥作用。
参考文献：Xia Wang et al. MicroRNA Let-7i Negatively Regulates Cardiac Inflammation and Fibrosis. Cardiac Fibrosis. 2016.
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文献和实验数目。很多研究表明，对于基因调控网络、蛋白 - 蛋白作用网络、代谢网络，没有必要构建全连接的网络结构，这些网络都属于无尺度网络( Scale-free network )，即具有 k 条边的节点分布几率 p(k) 满足泊松分布, 。 基因调控网络反映的是基因之间的相互关系，除了可以在基因表达数据中发现这种关系外，还可以在 DNA 序列、转录因子与顺式调控元件相互作用、蛋白 - 蛋白相互作用、蛋白在细胞中的定位等层面上反映出来。是否可以将这些生物学背景知识应用于基于表达
数目。很多研究表明，对于基因调控网络、蛋白 - 蛋白作用网络、代谢网络，没有必要构建全连接的网络结构，这些网络都属于无尺度网络( Scale-free network )，即具有 k 条边的节点分布几率 p(k) 满足泊松分布, 。 基因调控网络反映的是基因之间的相互关系，除了可以在基因表达数据中发现这种关系外，还可以在 DNA 序列、转录因子与顺式调控元件相互作用、蛋白 - 蛋白相互作用、蛋白在细胞中的定位等层面上反映出来。是否可以将这些生物学背景知识应用于基于表达
MicroRNA Target and Gene Validation in Viruses and Bacteria
Noncoding RNAs (ncRNAs) constitute an evolutionary conserved system involved in the regulation of biological functions at posttranscriptional level. The capability to rapidly adapt their metabolism is essential for the survival of organisms
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