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- 2026年04月26日
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数据非依赖性采集(DIA）定量技术
数据非依赖性采集( Data independent acquisition，DIA)定量技术，将整个质谱扫描质量范围分为若干窗口，依次对每个窗口的所有离子进行碎裂，采集全部子离子信息。该技术无需指定目标肽段，扫描点数均匀，利用谱图库即可实现定性确证和定量离子筛选，同时可实现数据回溯。
应用领域：
适用于多生物样本中的蛋白质组非标定量比较，差异蛋白质的发现。
技术优点：
1.相比DDA技术的非标定量结果，定量重现性和准确度更高。
2.定量蛋白质通量高，能同时实现3000-4000个蛋白质的定量。
检测仪器：
QE-HF, Fusion，Lumos
分析流程：
样品经胰酶酶切后，采用常规DDA质谱检测技术分析建立图谱库，之后采用DIA方法进行质谱数据采集。定量数据采用Skyline或Spectronaunt软件处理。
可选择数据分析：
1.蛋白质/肽段鉴定及定量结果
2.差异蛋白质统计分析
3.蛋白质GO分析及差异蛋白GO富集分析
4.蛋白质Pathway通路分析及差异蛋白的
Pathway通路分析
5.多样品间表达模式聚类分析（适用于样
本数≥3的项目）
样品要求:
蛋白提取物：≥50 μg
细胞：≥106
组织：动物组织≥1 mg,植物组织≥10 mg
体液：血清≥5μL，脑脊液≥10μL
参考文献：
1 Egertson JD, MacLean B, Johnson R, Xuan Y, MacCoss MJ.Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline. Nat Protoc. 2015 Jun;10(6):887-903.
2 Egertson JD, Kuehn A, Merrihew GE, Bateman NW, MacLean BX, Ting YS, Canterbury JD, Marsh DM, Kellmann M, Zabrouskov V, Wu CC, MacCoss MJ. Multiplexed MS/MS for improved data-independent acquisition. Nat Methods. 2013 Aug;10(8):744-6.
3 张 伟,Reiko Kiyonami, 江 峥,陈 伟. 创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质的定量分析.分析化学.2014, 42(12):1750-8.
4张 伟.定量蛋白质组学质谱采集技术进展.分析化学.2014, 42(12):1859-68.
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文献和实验随着不同的基于质谱分析方法的发展，可以研究的蛋白互作网络的范围也在逐渐增加。更重要的是，用于肽和蛋白质定量的新兴方法产生的数据是完整且无偏差的，是研究完整网络或蛋白互作的基本要求。 基于数据依赖性采集（Data-dependent acquisition, DDA）易于执行，并能快速评估样本中的物质的数量。除了简单之外，还需要对蛋白质进行鉴定和翻译后修饰。任何蛋白质的生物学特性在动态系统中的已知程度都是极微小的，不断增加的拼接变异体，SNP等很可能意味着在可预见的未来，使用数据依赖性采集
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变性以及MS/MS谱图的质量（信息含量）的可变性。最终结果是，来自不同生物样本的数据集没有识别和量化同一组蛋白质；或者换句话说，DDA模式的lable-free定量蛋白质组学数据集将包含很多缺失值，并且这主要影响较低丰度的蛋白质。近年来，数据非依赖性采集（data-independent acquisition，DIA）技术出现，指定m/z范围内的所有前体离子都同时进行MS碎片化，复杂的MS2谱图与包含碎片离子谱图、前体离子精确质量及其归一化保留时间的谱图库搜库比对。DIA在增加已鉴定肽的数量、提高定量精度和增加
，从而获得完整的肽段信息。因此，SWATH技术是一种真正全景式的、高通量的质谱技术。同时也解决了shot-gun鉴定较低重复度的缺点。此外，借助先进的Triple-TOF 5600质谱系统，SWATH在定量上具有较高的准确度和动态范围。与传统的基于质谱定量方法不同，基于SWATH技术的定量方法直接构建二级碎片离子的XIC，曲线上的每一个点都有充分的质谱证据，大大增加了定量的准确度和可重现性。科学家运用SWATH采集模式对酵母细胞全蛋白质的裂解液进行了分析，实验结果显示检测到蛋白质的丰度差异极大，跨越
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