承接实验服务 高通量测序

高通量测序

服务编号	服务项目	收费标准(元)	实验周期
FZ32	基因组de novo测序	面议	面议
FZ33	基因组重测序	面议	面议
FZ34	宏基因组测序	面议	面议
FZ35	小RNA测序	面议	面议
FZ36	真核生物转录组测序	面议	面议
FZ37	简化基因组测序	面议	面议
FZ38	细菌16S测序	面议	面议

服务内容：
l 基因组de novo测序
1 基因组DNA提取
2 构建不同长度的基因组文库
3 上机测序
4 数据处理：去除接头序列、污染序列等
5 基因组拼装统计：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；
6 基因组注释：基因预测、基因功能注释、重复序列分析、nocoding RNA注释等；
7 基因功能分析　GO分析，KEGG通路分析等；
8 比较基因组学及进化分析：物种系统发育树构建、基因家族鉴定、基因共线性分析等。

l 基因组重测序
1 基因组DNA提取
2 构建基因组测序文库
3 上机测序
4 数据处理：去除接头序列、污染序列等
5 序列比对
6 SNP、 InDel、CNV、SV检测等

l 宏基因组测序
1 基因组DNA提取
2 构建基因组测序文库
3 上机测序
4 数据处理：去除接头序列、污染序列等
5 宏基因组组装：原始数据统计、测序深度分析、覆盖度统计、GC含量分析等；
6 样品复杂度分析：将测序所得Reads与专业数据库进行比对统计；
7 物种分类：基因预测、相对丰度计算等；

l 真核生物转录组测序
1 RNA提取
2 构建测序文库
3 上机测序
4 数据分析：
　 无参考基因组的转组分析
Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）
Ø 测序数据产量统计，数据成分和质量评估；
Ø Contig及Scaffold长度分布；
Ø Unigene的长度分布，GO分类，功能注释，代谢通路分析，表达差异分析。
有参考基因组的转录组分析
Ø 基本数据处理（图像识别，碱基识别，测序街头序列过滤，样品污染可能性检测）；
Ø 与参考基因组比对后的注释信息；
Ø 基因在基因组上的分布；
Ø 测序深度分布，测序随机性评估，基因差异表达分析；

l Small RNA测序
1 RNA提取
2 连接接头及纯化Samll RNA
3 上机测序
4 数据处理：去除接头序列、污染序列等
5 样品间的公共序列和特异序列的分析
6 Small RNA 与rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比对信息
7 Small RNA 与重复序列的比对信息（需提供选定参考基因组对应的重复序列注释信息）；
8 Small RNA 与 miRBase 中指定范围的已知的 miRNA 的比对；
9 按照优先级将 small RNA 进行分类注释；
10 利用Mireap 对没有注释的small RNA 进行预测，预测新的 miRNA ；
11样品间miRNA 差异分析（2个或2个以上样品）和聚类分析（3个或3个以上样品) ；
12 MiRNA 靶基因预测（需要提供基因编码序列）；

l 简化基因组测序
1 基因组DNA提取 酶切 接接头
2 上机测序
3 数据分析

未知参考基因组的信息分析流程
Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；
Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；
Ø 全基因组关联分析（GWAS）；
Ø 连锁分析和QTL定位；
Ø 种群进化分析。
已知参考基因组的信息分析流程
Ø 原始数据整理、过滤及质量评估；
Ø 标记位点分析（标记位点鉴定，SNPs位点与InDel位点鉴定）；
Ø SNP单体型图谱分析；
Ø 全基因组关联分析（GWAS）；
Ø 连锁分析和QTL定位；
Ø 种群进化分析。

l 细菌16S rDNA测序

1 基因组DNA提取 PCR扩增
2 上机测序
3 原始数据整理、过滤及质量评估；
4 OTU列表生成及注释；
5 丰度分析（Alpha多样性分析、物种丰度差异分析、聚类分析）；
6 群落结构分析（单样品物种分布、 多样品物种分布、含进化关系的
物种分布、Beta多样性分析）。


服务说明：
1、提供实验材料，其必须保证新鲜，请您采样后立即放入液氮中速冻或加入样品稳定剂。
2、如果提供DNA，我们要对其进行评估。基因组DNA无明显降解，浓度≥500 ng/ul，总量
大于30μg。
3、如果样品可以用Trigol法提总RNA ，也可以将样品研磨后放在 Trigol中。
4、如果提供RNA，我们需要我们评估请提供浓度≥500 ng/ul，总量≥20 ug 的total RNA样品
样品请去蛋白并进DNase处理。