真核转录组测序

转录组测序，对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，既可以提供定量分析，检测基因表达水平差异，又可以提供结构分析，能发现稀有转录本，精确地识别可变剪切位点、基因融合等，而且不依赖于参考基因组。


技术优势
任意物种的全转录组分析：无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因或基因组信息，能够直接对任何物种进行全面的转录组分析；
覆盖度高：数字化信号，直接测定几乎所有转录本片段的序列；
检测阈值宽：跨越6个数量级的宽检测阈值，从几个到数十万个拷贝精确计数；
分辨率高：可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异；
检测范围广：从几个到数十万个拷贝精确计数，可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。

产品应用
医学上的应用方向：


农学上的应用方向：



研究内容
一、无参考序列物种
标准信息分析：
1. 测序数据过滤；
2. 转录组de novo组装；
3. Unigene七大功能数据库注释；
4. Unigene的CDS预测；
5. Unigene的TF编码能力预测；
6. Unigene的SSR检测；
7. Unigene表达量计算（基因表达水平、PCA分析、基因表达水平箱线图和密度图、样品间的表达量韦恩图）；
8. 时间序列分析；
9. 差异表达基因检测；
10. 差异表达基因聚类分析；
11. 差异表达基因GO功能分析；
12. 差异表达基因Pathway功能分析；
13. 差异基因蛋白互作分析；
14. 真菌致病基因预测 （真菌样本）；
15. 植物抗病基因预测（植物样本）。
定制化信息分析：
1. 可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

二、有参考序列物种
标准信息分析：
1. 基本数据统计① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息，② 样品相关性，③ 表达量分布，④ RNA分类；
2. 参考基因组比对；
3. mRNA鉴定；
4. mRNA定量分析；
5. mRNA差异表达分析（样本间、组间）；
6. mRNA表达/差异基因聚类；
7. mRNA差异基因GO分类、富集；
8. mRNA差异基因KEGG分类、富集；
9. mRNA结构分析：可变剪切分析；
10. mRNA结构分析：融合基因分析（仅限人）。
Dr. Tom信息分析：
一）数据库注释
1. 转录因子注释（AnimalTFDB/PlantTFDB）；
2. GSEA分析；
3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释；
二）互作网络分析
1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向关系分析，② lncRNA-mRNA靶向关系分析；
2. ceRNA互作网络分析；
3. 蛋白互作网络分析；
4. 共表达互作网络分析；
三）特色分析
1. 自定义标签和自有数据上传；
2. 外部数据库信息（TCGA、ARCHS4）；
3. 关键驱动基因网络图分析；
4. 时间序列分析。
（*以上分析内容为部分物种可做。）
定制化信息分析 ：
1. 可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容