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- 微生物细菌/真菌基因组测序
- 上海市浦东新区
- 2025年07月15日
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- 服务名称：
微生物基因组学研究
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上海翰宇生物科技有限公司
研究内容
■对全新的微生物物种进行测序，获得精细图/完成图
■对基因组已知的微生物物种进行基因组重测序，获得精细图/完成图
■通过全基因组测序获得基因簇的完整序列
■基因预测、功能注释和比较基因组学（SNP、InDel、Pan-genome）分析
■多种基因预测软件（glimmer 3.02，Genemark 和 Z-Curve program）和转录组信息结合，确保基因预测的准确性
■多种基因功能数据库（KEGG，NR和UNIPORT）相结合，确保基因功能和代谢途径重建的完整性
翰宇优势
■创新解决方案 1+1>2：PacBio RS II平台+ NGS平台，充分发挥第三代测序技术长读长和第二代测序结果的高覆盖度的优势，混合应用PacBio和NGS测序平台，高效获得细菌基因组完成图序列
■ 针对高GC的细菌（如链霉菌、结核分枝杆菌等），可轻松获得高覆盖度和高质量的基因组序列
■ 更完善准确的拼装结果，减少或不用进行Gap Closing工作，高效快速获得基因组的完成图
■ 全基因组完成图的序列精确度>99.99%
■ 高质量的生物信息学分析，满足基本和深度生物学分析
生物信息分析
结果示例
1.基因功能注释及分类
2.基因组圈
3.代谢通路构建
4.PAN-Genome分析
成功案例
■ 成功应用PacBio RS II超长片段测序拼装获得细菌基因组全序列，借助Solexa短片段高覆盖率测序对整个基因组进行准确性评估和校正，得到精确度高达99.999%的基因组完成图
■ 应用454 GS FLX系统，已完成162种细菌/古细菌（0.8-10Mb）的全基因组测序
■ 应用Solexa系统，已完成338种细菌（包括30余株结核分枝杆菌）的精细图测序工作
■ 已完成子囊菌和担子菌等不同亚门的90多个真菌（25-70Mb）的全基因组测序
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文献和实验单细胞测序在疾病诊断和细胞异质性研究中发挥着重要作用。然而目前的单细胞测序手段需要将细胞消化并裂解才能够进行，而细胞状态在这一操作中不可避免的会发生改变，因此很难掌握细胞真实的基因表达情况，尤其对于基因通路上表达变化的检测为不利。近期苏伊士理工大学使用FluidFM创建了一种原位活细胞基因测序方法，这种方法能够在不杀死细胞的情况下完成对细胞的测序工作。通过这种技术该团队成功完成单细胞RNA基因测序，并通过这种方法检测到了细胞的基因表达和细胞周期状态变化。下面本文就这项工作的具体内容进行阐述
了土壤的质量。土壤微生物多样性一般包括微生物分类群的多样性、遗传(基因) 多样性、生态特征多样性和功能多样性[3 ]。由于土壤微生物的复杂性、土壤本身的多变性和研究方法不完善等原因的限制, 以往人们对土壤微生物多样性的研究与动、植物相比远远落后。随着多聚酶链反应(PCR)、核酸测序等现代生物学分子生物学技术的迅速发展, 人们对土壤微生物多样性有了更多的了解；高通量测序技术的发展则为研究土壤宏基因组提供了大量数据，为直接探究土壤中的微生物群落结构提供了客观而全面的信息。 一、对土壤微生物进行
基因组序列的迅速获得推动了一门新兴学科——功能基因组学的发展，这一学科重点关注基因功能的变化。扩增性片段长度多态性（Amplified restriction fragment length polymorphism，AFLP）分析以及反向遗传学都是功能基因组学的重要组成部分。 传统的反向遗传学，例如用转座子（transposon）敲除特定基因，虽然可以准确测定表型，但需要进行耗时的转基因或复杂的组织培养。而且由于这种基因敲除的方法将整个基因敲除，无法观察到活性基因功能部分缺失
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