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宏基因组 ( Metagenome)：即环境中全部微小生物遗传物质的总和。基于高通量测序平台，以特定环境下微生物群体基因组作为研究对象，分析微生物多样性、群落结构、进化关系、功能特征、与环境之间的相互关系等。包含了可培养的和不可培养的微生物的基因，目前主要在基因功能注释、功能基因挖掘、人类疾病发生、养分循环利用等相关领域具有广泛应用。
产品优势
可获得99%不可分离培养微生物遗传信息。
可获得环境样本中物种多样性和功能基因多样性。
基于宏基因组数据，binning出更完整的细菌基因组
技术路线
结果展示
物种分布柱状图
该图展示了在界、门、纲、目、科、属、种不同分类学水平上的物种柱状图，从图中可以直观看出各样品的物种组成及不同物种在各样品中所占的比例。
样本与物种（功能）Circos图
Circos样本与物种（功能）关系图是一种描述样本与物种（或功能）之间对应关系的可视化圈图，该图不仅反映每个样品的优势物种（或功能）组成比例，也反映各优势物种（或功能）在不同样品之间的分布比例。
eggNOG功能基因功能分类统计图
通过将非冗余基因的蛋白序列和eggNOG数据库进行BLAST比对，找到在eggNOG数据库中最相似的序列，该序列对应的注释信息和分类信息即为对应测序基因组基因的注释信息和分类信息。
碳水化合物酶含量气泡图
CAZy功能注释中，各样品注释到的各个分类学水平碳水化合物酶的个数统计如图所示。横坐标为样品名称；纵坐标为不同的类别或酶。图中圆圈越大，代表相对含量越高。
随机森林分析
随机森林分析(Random Forest分析)，属于机器学习算法，是一个包含多棵决策树的分类器,可以基于原有样品分类高效快速挑选出对分类最为重要的物种类别（biomarker）。
差异功能丰度热图
功能基因组间差异分析可以反应出不用组间相同的功能基因的丰度差异，横坐标代表不同的样本，纵坐标代表不用的功能基因，颜色深浅代表功能基因的丰度。
常见问题
Q1：宏基因组研究目的？
A：微生物数量多而复杂，在多数条件下 ，无法模拟和重现其生活的原始环境条件，致使环境中仍有99%的微生物不能得到纯培养。 较传统的分类学研究手段，宏基因组操作更简单，能够一次获得大量数据。较微生物多样性测序技术，宏基因组研究的物种更完整，分辨率较高，物种鉴定准确度高，功能分析更完善。较宏转录组测序技术，宏基因组对样本要求较低，更容易构建高质量文库，价钱更低。
Q2：宏基因组推荐测序数据量？
A：一般建议测6G数据量，环境样本中若微生物丰富，建议测10G甚至以上。一般肠道内容物和粪便样本建议测6G数据量，土壤样本建议测10G数据量。
Q3：什么是宏基因组binning？
A：根据序列的特征（核酸组成和序列丰度）通过分类算法将来自于同一基因组或同一分类单元的序列(reads、contig、gene)进行分类，从而实现从环境微生物群落中构建菌株水平(或更高级别分类单元)的草图基因组(或泛基因组)。Binning的含义是分箱、聚类，指从微生物群体序列中将不同个体的序列（reads或contigs等）分离开来的过程。简单来说就是把宏基因组数据中来自同一菌株的序列聚到一起，得到一个菌株的基因组。可以达到菌株水平。
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文献和实验The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression.Nature Microbiology,2019,DOI: 10.1038/s41564-018-0337-x
Urban metagenomics uncover antibiotic resistance reservoirs in coastal beach and sewage waters.Microbiome.DOI:https://doi.org/10.1186/s40168-019-0648-z
，并参加了比赛。宏基因组测序我们诊断传染病的方法叫做宏基因组测序。总的思路是，我们对临床样本中的所有核酸(DNA和RNA)进行排序，并使用计算软件分析数据，以找到众所周知的“大海捞针”。我们寻找的一般是去年，我们描述了使用宏基因组测序成功诊断一种罕见但可治疗的细菌感染(神经钩端螺旋体病)，该感染发生在一名14岁的危重男孩身上，他已经病了4个多月而未被诊断。对于具有广泛鉴别诊断(疟疾、伤寒、登革热、埃博拉等)的急性热带病等疾病，无偏元基因组测序是一种非常有吸引力的诊断检测方法。我们在《基因组医学》杂志
qiangshou2010 我想问个这几天一直想不明白的事情。 现在人类基因组测序早就完成了，也开始了其它物种的测序，包括猴子---恒河猴，rhesus,这几天我查了猴子的几个基因，发现在它的序列里包括了一部分的N。这些N表示什么意思呢？是当时没有测出来？还是不能找到合适的样本，才测不出来的？ 在哪里可以查到序列完全测出来的物种呢？就拿猴子来说，哪种猴子的序列是测全了的呢？ zhujoker
海边海鸥 偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因，但是表型（药敏试验仍对该类抗生素敏感）阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序，想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:) 海边海鸥 怎么没有建议呢？ zhujoker 我来胡说2句吧，不知道细菌基因组有没有甲基化修饰，自己不做细菌，所以不能确定（但是偶刚才查一下的确好像
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