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产品简介
微生物多样性测序技术是将环境样本中全部微生物的DNA获取后，根据自己的需求对细菌、真菌、功能基因等特异性的区域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）进行PCR扩增，混样建库，并基于高通量测序平台，研究环境样本中可分离培养和不可分离培养的微生物的种类和丰度差异。可分为细菌多样性、真菌多样性和功能基因多样性。在土壤、水体、空气、污泥、粪便、肠道、工业发酵液、生物膜、拭子、口腔、皮肤、昆虫、动植物内生菌等相关领域被广泛应用。
产品优势
一次性获得可培养和不可培养物种多样性信息
20余种样本类型提取建库测序分析项目经验
高水平分析团队，全面的分析内容，专业的售后服务
技术路线
结果展示
物种分布柱状图
根据物种注释结果，在门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）不同的分类学水平上展示不同样本中的优势菌群及丰度排名前十的物种，可以直观的反馈出样本间物种和丰度的差异。
物种聚类热图
热图聚类结果中，颜色代表物种丰度。纵向聚类表示不同物种在各样品间丰度的相似情况，横向聚类表示不同样品的各物种丰度的相似情况，直观反馈同一物种在不同样本中的丰度差异。
Alpha 多样性指数
Alpha多样性（Alpha diversity）反映的是单个样品物种丰度及物种多样性，有多种衡量指标：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指数衡量物种丰度即物种数量的多少。Shannon和Simpson指数用于衡量物种多样性，受样品群落中物种丰度和物种均匀度的影响。
β 多样性分析
使用QIIME软件进行 Beta 多样性(Beta diversity)分析，比较不同样品在物种多样性方面存在的相似程度。Beta多样性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限细菌)、 unweighted unifrac (限细菌)等4种算法计算样品间的距离从而获得样本间的β值。
组间显著性差异分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：寻找不同组中，每组中显著性差别与其他组的物种，可视为该组样品中的biomarker物种。下图为LDA值分布柱状图和LEfSe分析进化分枝图。
RDA/CCA分析
检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系，常用的分析方法有CCA和RDA两种。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。右图是RDA分析，箭头代表不同的环境因子，箭头连线之间的夹角的代表其相关性。
常见问题
Q1、微生物多样性的研究目的
A：主要关注环境样本中物种的组成和丰度，不同样本中物种种类差异和物种丰度差异。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA编码原核核糖体小亚基 rRNA的DNA序列。在结构上分为10个保守区和9个可变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA内转录间隔区序列。由于ITS区在核糖体RNA加工过程中被剪切掉，不发挥功能作用，在进化过程中选择压力较小，进化速率约为18S rDNA的10倍，属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
微生物多样性测序技术是将环境样本中全部微生物的DNA获取后，根据自己的需求对细菌、真菌、功能基因等特异性的区域（16S rDNA/ITS/18S/nifH等）进行PCR扩增，混样建库，并基于高通量测序平台，研究环境样本中可分离培养和不可分离培养的微生物的种类和丰度差异。可分为细菌多样性、真菌多样性和功能基因多样性。在土壤、水体、空气、污泥、粪便、肠道、工业发酵液、生物膜、拭子、口腔、皮肤、昆虫、动植物内生菌等相关领域被广泛应用。
产品优势
一次性获得可培养和不可培养物种多样性信息
20余种样本类型提取建库测序分析项目经验
高水平分析团队，全面的分析内容，专业的售后服务
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物种分布柱状图
根据物种注释结果，在门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）不同的分类学水平上展示不同样本中的优势菌群及丰度排名前十的物种，可以直观的反馈出样本间物种和丰度的差异。
物种聚类热图
热图聚类结果中，颜色代表物种丰度。纵向聚类表示不同物种在各样品间丰度的相似情况，横向聚类表示不同样品的各物种丰度的相似情况，直观反馈同一物种在不同样本中的丰度差异。
Alpha 多样性指数
Alpha多样性（Alpha diversity）反映的是单个样品物种丰度及物种多样性，有多种衡量指标：Chao1、Ace、Shannon、Simpson、PD等。Chao1和Ace指数衡量物种丰度即物种数量的多少。Shannon和Simpson指数用于衡量物种多样性，受样品群落中物种丰度和物种均匀度的影响。
β 多样性分析
使用QIIME软件进行 Beta 多样性(Beta diversity)分析，比较不同样品在物种多样性方面存在的相似程度。Beta多样性分析主要采用 binary jaccard、 bray curtis、 weighted unifrac(限细菌)、 unweighted unifrac (限细菌)等4种算法计算样品间的距离从而获得样本间的β值。
组间显著性差异分析
LEfSe(Line Discriminant Analysis (LDA) Effect Size) 分析：寻找不同组中，每组中显著性差别与其他组的物种，可视为该组样品中的biomarker物种。下图为LDA值分布柱状图和LEfSe分析进化分枝图。
RDA/CCA分析
检测环境因子、样品、菌群三者之间的关系或者两两之间的关系，常用的分析方法有CCA和RDA两种。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。右图是RDA分析，箭头代表不同的环境因子，箭头连线之间的夹角的代表其相关性。
常见问题
Q1、微生物多样性的研究目的
A：主要关注环境样本中物种的组成和丰度，不同样本中物种种类差异和物种丰度差异。
Q2、什么是16S rDNA？
A：16S rDNA编码原核核糖体小亚基 rRNA的DNA序列。在结构上分为10个保守区和9个可变区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，可变区反映物种间的差异。
Q3、什么是ITS？
A：ITS是编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA内转录间隔区序列。由于ITS区在核糖体RNA加工过程中被剪切掉，不发挥功能作用，在进化过程中选择压力较小，进化速率约为18S rDNA的10倍，属于中度保守的区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
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参考文献
Infants born to mothers with IBD present with altered gut microbiome that transfers abnormalities of the adaptive immune system to germ-free mice. Gut,2019,DOI: 10.1136/gutjnl-2018-317855.
Root exudates drive the soil-borne legacy of aboveground pathogen infection.Microbiome,2018,doi.org/10.1186/s40168-018-0537-x
Infants born to mothers with IBD present with altered gut microbiome that transfers abnormalities of the adaptive immune system to germ-free mice. Gut,2019,DOI: 10.1136/gutjnl-2018-317855.
Root exudates drive the soil-borne legacy of aboveground pathogen infection.Microbiome,2018,doi.org/10.1186/s40168-018-0537-x
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