lncRNA测序

长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA 分子(不含rRNA)，长度在200bp以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能;近期的研究表明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等。目前，lncRNA已经成为继信使RNA(mRNA)、小RNA(microRNA、piRNA、siRNA等)之后功能基因组学最火热的研究领域，但是绝大部分lncRNA的功能目前仍不清楚。

锐博生物已推出长链非编码RNA测序(lncRNA seq)服务。本服务利用去rRNA法构建文库，使用目前最先进的HiSeq 3000平台测序，突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制，可一次性获得样本中几乎全部转录产物序列，通过先进的生物信息学分析， 可以更加高效地获取lncRNA序列信息，助力研究者对新的lncRNA进行预测及分析。

无物种限制：无需了解物种的基因或基因组信息，便可直接对任意物种进行最全面的转录组分析。可检测未知基因，发现新的转录本。

高精确度：数字化信号，可精确检测到基因家族中相似基因以及可变剪切造成的不同转录本的单碱基差异。

高覆盖度：新一代高通量测序技术的高深度覆盖，可以检测到低丰度的稀有转录本。
实验流程

测序模式

HiSeq 3000/2500
PE150/PE100 测序模式
>10G clean data( 去rRNA法）.
信息分析

有参考基因组序列的lncRNA测序

标准数据分析

1、去除接头序列及低质量reads的处理

2、测序质量评估

3、核糖体RNA去除率计算

4、参考基因组比对

5、全基因组reads分布图谱

6、mRNA一：已知mRNA鉴定

7、mRNA二：mRNA表达量计算及样品间表达差异分析

8、mRNA三：差异基因KEGG生物通路富集分析

9、mRNA四：差异基因GO功能富集分析

10、mRNA五：预测新转录本

11、mRNA六：新转录本的蛋白结构域、ORF（开放阅读框）及编码潜能鉴定

12、lncRNA一：已知lncRNA鉴定

13、lncRNA二：计算已知lncRNA表达量及样品间lncRNA表达差异分析

14、lncRNA三：预测新lncRNA

15、lncRNA四：计算新lncRNA表达量及样品间新lncRNA表达差异分析

16、lncRNA五：新lncRNA二级结构预测
个性化数据分析

1、 time series差异表达

2、 基因融合

3、 RNA编辑

4、共表达网络构建（样品数大于10）

5、 SNP分析和eQTL分析

6、基因结构优化及优化基因的表达值计算

7、蛋白互作网络分析

8、样品间可变剪切和新转录本的比较

9、lncRNA的功能分析（五个lncRNA）

10、组间差异分析

无参考基因组序列的转录组

标准信息分析

1、去除接头序列及低质量reads的处理

2、测序质量评估

3、组装

4、Unigene的GO功能注释

5、Unigene的COG分析

6、Unigene的KEGG功能富集分析

7、ORF区域及编码蛋白框(CDS)

8、Unigene表达差异分析

个性化数据分析

1、差异Unigene的GO功能注释

2、差异Unigene的COG分析

3、差异Unigene的KEGG功能富集分析

* 分析详细内容请向当地销售工程师索取

案例解读

研究者通过转录组测序结合全外显子测序技术，发现ETMR/ETANTR肿瘤组织中，TTYH1和C19MC出现基因融合，并驱动DNMT3B酶在脑组织异常高表达。这项研究提出了此类脑瘤发展的一种新模型，为研究探讨全新的治疗方法， 指出了可能的靶点。