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- lncRNA测序
- 上海
- 2026年01月29日
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- 服务名称：
lncRNA（长链非编码RNA）测序
- 提供商：
上海英拜生物
一、实验流程
1. 样品提取总RNA后，去除rRNA。
2. RNA片断化。
3. 以短片段为模板，用六碱基随机引物反转录合成双链cDNA。
4. 经纯化、末端修复、加碱基A、加测序接头的步骤，根据测序长度和是否做对读测序，确定琼脂糖凝胶电泳回收片段的大小，并进行PCR扩增，完成测序文库的制备。
5. 构建好的文库经cBot扩增，用Illumina Hiseq2500进行对读测序。
二、数据分析
- 数据产出统计及质量评估
- Reads与参考基因组序列或转录组序列比对
- Reads在基因组上的分布统计
- 转录组表达量的计算
- 基因差异表达分析
- 差异基因生物学通路分析
- 差异基因的GO分析
- 非编码RNA(lncRNA)鉴定（转绿本组装、鉴定已知转录本及预测新转录本）
- 非编码RNA(lncRNA)定量与差异表达分析
- 非编码RNA（lncRNA）功能预测
案例：通过RNA测序分析帕金森病中白血球的长链非编码RNA及选择性剪接的调控
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过RNA-seq分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。
目的：利用Illumina测序平台对帕金森病人白血球中lncRNAs进行分析，探讨其对mRNA选择性剪接的调控机制。
结果：通过对帕金森病人的RNA-seq结果分析发现，在白血球中有6000个以上lncRNAs，其中13个lncRNAs较对照组表达变化显著，例如U1剪接体lncRNA，RP11-462G22.1等。同时，在帕金森病人的大脑中表达7000多种lncRNAs，其中有3495种与白血球是共表达的。该研究为帕金森及其他神经退行性疾病的转录调控的研究提供了新的思路。
原文索引：
Pauline A. van Schouwenburg, Emma E. Davenport (2015) Application of whole genome and RNA sequencing to investigate the genomic landscape of common variable immunodeficiency disorders Clinical Immunology, 160 (2), 301–314
图1：不同样品间的差异表达lncRNAs
图2：不同样品间差异表达可变剪接子
图三：差异可变剪接子的相关信号通路网
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文献和实验长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中
NGS已成为生命科学领域中基因组学和转录组学研究的金标准。虽然它与桑格测序等方法有某些核心相似之处，但NGS所能实现的绝对的高通量水平使它与其他方法截然不同，并彻底改变了科学家的工作方式。 RNA测序(RNA-seq)尤其处于NGS功能应用的前言沿。RNA-seq最简单的形式允许我们在取样时确定样本中的RNAs的丰度。转录组是一个高度动态的细胞特征，并打开了一个巨大发掘潜力的世界。对药物、各种疾病状态、转录后修饰和选择性剪接转录本的反应变化只是 RNA-Seq 使其能够发现的一些例子
案例：通过 RNA 测序分析帕金森病中白血球的长链非编码 RNA 及选择性剪接的调控 背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的调控机制。 结果：通过对帕金森病人的 RNA-seq 结果分析发现，在白血球中
