μCaler® Total Solution for AML

μCaler^® AML MRD 全流程解决方案基于液相杂交靶向富集技术，专为成人急性髓系白血病 MRD 研究而设计。该方案精选的 MRD 靶标覆盖约 90% AML 病例的突变，可评估包含碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息。结合双端分子标签和 μCaler^® 杂交捕获技术可实现超高检测灵敏度，且能够在单日内完成全部实验流程。 μCaler^® AML Panel v1.0 靶向成人急性髓系白血病常见变异，探针覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，涉及 32 个基因，支持包括碱基替换、插入/缺失、基因融合在内的多种变异信息的富集，适用于 MRD 监测。

方案表现

精准覆盖

● 参考多个数据库 (COSMIC & TCGA) 和指南，选取更有可能包含突变的区域

● ~90% 病例存在 1 个突变，~60% 病例存在 3 个及以上突变 (AML_OHSU_2022 cohort)

● 覆盖基因组约 42.5 Kb 区域，可检测 AML 相关 32 个基因的碱基替换、插入/缺失、基因融合

基因列表

注：*覆盖全部 CDS 区域；†覆盖融合相关内含子区域。

低背景噪音

图 1. 采用不同片段化方法学经 DCS211 分析标准过滤后的背景噪音。A. 常规酶切片段化；B. 超声打断；C. NadPrep^® NEM 片段化。NadPrep^® NEM 片段化相较于其他两种方法学从源头上显著减少背景噪音。

灵敏度更高

图 2. 不同 Input 条件下， μCaler^® AML MRD 全流程解决方案与超声打断建库检测到的 Duplex depth (DCS211)。参照 μCaler^® AML MRD 全流程解决方案使用说明书；以双链一致性序列 (Duplex Consensus Sequences, DCS211) 为标准进行过滤，测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。

测序成本更低

 

 

图 3. 达到特定深度下， μCaler^® AML MRD 全流程解决方案与常规杂交捕获方式所需的最低测序数据量 (满足双链一致性分析)。

注：Traditional 为常规杂交捕获方式，按照中靶率 15% 计算。

 

 

稳定高效

图 4. μCaler^® AML MRD 全流程解决方案不同实验批次的稳定性表现。A. 中靶率；B. 测序产出均一性。DNA 样本参照 μCaler^® AML MRD 全流程解决方案使用说明书进行预文库构建和文库杂交。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。

高效便捷

捕获表现

图 5. μCaler^® AML MRD 全流程解决方案的基础捕获表现。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler^® AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler^® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。利用 BWA 比对到参考基因组 hg19，On-target 按照 reads 数计算。A. 捕获数据的比对率、中靶率及靶区域覆盖度；B. 测序深度；C. 靶区域覆盖均一性。
注：样本来源于泛肿瘤 800 gDNA 标准品 (Genewell，GW-OGTM800) 与人类男性基因组 DNA 标准品 (Promega, G1471) 按比例混合，以模拟不同突变频率 (0.025%~0.1%) 的样本。

变异分析

图 6. μCaler^® AML MRD 全流程解决方案的变异分析。300 ng 片段化 DNA 投入构建预文库，参照 μCaler^® AML MRD 全流程解决方案使用说明书，以 μCaler^® AML Panel v1.0 完成杂交捕获。A. 平均深度(DCS211 ≥ 1)；B. 支持突变的有效 reads 数；C. 理论与检出的突变频率。
注：测序模式为 Illumina Novaseq 6000，PE150。