免疫共沉淀

免疫共沉淀实验原理：

以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。

当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。

免疫共沉淀实验优势：

a) 取材可以选择该目的蛋白所在物种、特定组织、细胞，因此CoIP能够反应该蛋白在天然组织细胞状态下存在的互作关系蛋白；

b) 找出整个复合体中直接/间接互作的多个蛋白，研究复合体组成；

c) 通过与质谱鉴定连用可以初筛到一系列未知蛋白，再通过其他技术进一步验证。

免疫共沉淀实验注意事项

a)需要特异性IP级别诱饵蛋白抗体（重点）；

b)如果没有特异性抗体，则需要考虑构建重组标签质粒，用标签抗体进行CoIP实验；

c)样品种类实验风险：过表达细胞样品<细胞样品<动物组织样品<植物样品（通常为转基因植物，标签抗体也很难达到特异性富集）；

d)CoIP-MS风险：由于存在特异性抗体高丰度蛋白，质谱不一定能够鉴定到诱饵蛋白。