如果采用色谱和串联质谱联用,可降低对起始 DNA 量的需求,起始 DNA 50-100ng 即可,还有文献报道用 5ng DNA 进行检测[3]。LC-MS/MS 对于不同质量的 DNA 没有偏好性,比如低质量的 FFPE 样本,这就像你吃东西的时候,不管你吃的山珍海味还是粗茶淡饭,到肚子里面都差不多。显而易见的是,这种方法依赖于色谱和串联质谱仪,还需要专业的操作人员。当然,你们医院或者机构有这样的设备,LM-MS/MS 其实是很好的方法。
还可以用基 ELISA 的方法快速估计 DNA 甲基化的水平。先将 DNA 结合到反应孔中,洗掉未结合的 DNA;加入 5mC 特异性抗体,然后加入用于检测的二抗,加入显色剂,测量吸光值。甲基化的 DNA 越多,OD450nm 的值越高。基于 ELISA 的方法优缺点很明显,优点是非常快速,而且操作简单,缺点是结果不稳定,干扰因素比较多,适用于检测整体 DNA 甲基化非常显著的情况,比如整体DNA甲基化水平变化了 1.5-2 倍。