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- 2025年12月31日
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北京诺禾致源科技股份有限公司
- 服务名称：
RRBS
经济且准确的DNA甲基化
简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，RRBS）通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域，并进行 Bisulfite 测序，同时 实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模 临床样本的研究中具有广泛的应用前景。
准确：
单碱基分辨率，准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态。
经济：
性价比高，在较少的测序数据量下，针对启动子及 CpG 岛区域的DNA甲基化进行分析。
应用方向
队列研究 疾病与风险因素、遗传特征、生物标记物等研究。癌症疾病 肿瘤、精神疾病、代谢病、免疫病等研究。
动物发育 肌肉发育、育种与繁殖等研究。
诺禾优势
1. 生信分析内容丰富 诺禾RRBS基于文章中高频出现的分析内容，搭建DNA甲基化与转录组关联分析。
2. 周期快、质量好，稳定性高 诺禾采用先进的高通量测序平台，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现 快速、稳定的测序数据分析及交付。
3. 方案设计专业，质控严格 诺禾RRBS建库加入阴性对照λDNA，要求重亚硫酸盐转化效率99%以上，并采用主流软件bismark 进行分析... 从材料 选取，建库测序，到数据分析，每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。
4. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对猪，牛，羊，人，大鼠，小鼠等物种进行简化甲基化测序分析，助力客户在Journal of Agricultural and Food Chemistry等权威杂志发表多篇高水平文章。
信息分析
诺禾致源RRBS实现单碱基分辨率的甲基化位点准确 定位，快速准确找到差异位点，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
| 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|
| 测序数据质量评估 | 过滤低质量数据，保证数据质量 |
| 与参考基因组比对 | 比对率和覆盖度分析 |
| 甲基化位点calling | 分析甲基化位点 |
| 甲基化分布 | 甲基化在基因组，染色体，功能与元件上的分布 |
| 差异甲基化分析 | 寻找 DMR |
| 相关基因分析 | 相关基因GO，KEGG 富集分析 |
| 多样本分析 | PCA 分析多样本甲基化变化规律 |
关联分析
通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析，可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性，样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能。因此RRBS和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究，生物性状等多种领域。 基于多组学文章中的应用场景和经验，诺禾致源搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程，以助力科研者们发表高分文章。| DNA甲基化与RNA-seq关联分析 | 1. 整体上的关联，主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布，基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系 |
|---|---|
| 2. DMR相关基因表达与甲基化修饰，以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体，以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系 | |
| 3. DMR相关基因与差异基因联合分析，将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集，以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息 | |
| 4. DMR相关基因与差异基因功能分析，主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析 |
送样建议
| 样本类型 | 送样建议 |
|---|---|
| 新鲜动物组织 | ＞500 mg |
| 新鲜培养细胞数量 | 5×108个 |
| 全血 | ＞2 mL |
常见问题
1.为什么RRBS数据分析中样本的CG含量较低?
由于样品在建库时使用bisulfite处理后，非甲基化的C转化为U，后期PCR后进一步转化为T，因此甲基化项目CG含量偏低是正常的。
2.为什么 RRBS 主要应用于人、鼠、猪等高等哺乳动物？
RRBS 用 MspI 酶切将 CpG 位点富集出来进行测序，该酶的酶切位点为 CˇCGG，而不适用于CHG与CHH序列环境的检测。 高等哺乳动物中 DNA 甲基化主要发生在5’-CpG-3’二核苷酸的胞嘧啶上，植物中许多物种的甲基化信息位于CHG与CHH序列环境。
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文献和实验[1]. Pan, Zhangyuan et al. “An atlas of regulatory elements in chicken: A resource for chicken genetics and genomics.” Science advances vol. 9,18 (2023): eade1204. doi:10.1126/sciadv.ade1204
Development of high-throughput sequencing technologies now enables genome-wide analysis of DNA methylation of mammalian cells and tissues. Here, we present a protocol for Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) applicable to low
区分开来，再结合高通量测序技术，特别适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。但是相应的费用也是相当高的。为了能用较低的成本得到全面的基因组甲基化状况，有两种性价比非常高的测序方法不得不提，那就是MeDIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序)和RRBS(简化的表观亚硫酸氢盐测序技术(Reduced Representation Bisulfite Sequencing))。 MeDIP-seq是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术
适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。但是相应的费用也是相当高的。为了能用较低的成本得到全面的基因组甲基化状况，有两种性价比非常高的测序方法不得不提，那就是MeDIP-seq(甲基化DNA免疫共沉淀测序)和RRBS(简化的表观亚硫酸氢盐测序技术(Reduced Representation Bisulfite Sequencing))。 MeDIP-seq是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术，采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集
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